Практикум 12

Задание 1

Найдя длину скэффолдов, я выбрал скэффлд 308.

Для того, чтобы понять таксономию организма, было необходимо провести blastx последовательности. Оказалось, Х5 - сборка контигов некоторого гриба. Для работы augustus я выбрал вид Candida guilliermondii. (http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/predictiontutorial.gsp#param_id)

В поле special parameters - вид, в Genome file - scaffold-308.fasta. Остальное по умолчанию.

Augustus создал архив predictions.tar.gz, в котором содержались файлы:

augustus.aa - транслированные с найденных генов белки.

augustus.cdsexons - содержит экзоны.

augustus.codingseq - содержит целые кодирующие последовательности.

augustus.gbrowse - содержит информацию(номер скэффолда, начало-конец, тип) в GBrowse.

augustus.gff - содержит таблицы для каждого гена, в таблицах есть координаты начала-конца каждого участка гена, информация об участках гена, также есть coding sequence и protein sequence.

augustus.gtf - то же, что и augustus.gbrowse, только добавлены поля “transcript id” в конце.

Белки содержатся в файле augustus.aa, их всего 4.

Белок 1:

E-value находок достаточно низкий, а идентичность наоборот высока (>38%), так что скорей всего представленные на картинке последовательности - гомологи. Но все находки - гипотетические, поэтому аннотировать не получится.

Белок 2:

Тут картина даже лучше, чем у первого белка. Можно даже предположить, что рассматриваемый белок - хеликаза.

Белок 3:

Одна находка с высоким e-value. Не гомолог.

Белок 4:

Часть белков можно считать гомологами и, судя по всему, рассматриваемый белок - протеин-киназа

Задание 2

Сравнение аннотации Refseq и AUGUSTUS одного гена человека.

Ген - Homo sapiens DNA damage-induced apoptosis suppressor

Таблица со сравнением аннотаций

Ген DDIAS находится на 11 хромосоме, его координаты chr11:82901695-82934657, ориентация + Судя по таблице и визуализации, AUGUSTUS выдал две похожие аннотации - в обеих второй экзон - лишний и отсутствуют два средних экзона, так же он укоротил начало и удлинил конец.