Практикум 4

Задание №1

Для начала. было необходимо получить последовательности 16S рибосомальной РНК для выбранных в предыдущих прктикумах бактерий. Найти их удалось на ftp сервере NCBI в файлах .frn.

Проект jalview(общий для всего практикума)

Конкретно, последовательности были получены из следующих организмов:

- Agrobacterium tumifaciens AGRRK*

- Burkholderia cenocepacia BURCA

- Pseudomonas aeruginosa PSEAE

- Erwinia tasmaniensis ERWT9

- Yersinia pestis YERPE

- Vibrio cholerae VIBCH

- Haemophilus influenzae HAEIN

- Proteus mirabilis PROMH

Последовательности помеченые звездочкой были заменены аналогичные из других видов, из-за отутствия на сервере.

Далее последовательности были выровнены, а по выравниванию было построено методом Neighbor Joining дерево.

Дерево по белкам:

Дерево по РНК и дерево по белкам, совпадают, это говорит о том, что эволюция 16S рРНК и белков шла одинаково в организмах.

Задание 2

Здесь нам потребовалось найти гомологов белка CLPX_ECOLI, во все тех же организмах. Гомологи были выровнены, с помощью полученного выравнивания затем было остроено дерево методом Neighbor Joining.

На рисунке отмечены: Зеленым - дупликация Желтым - видообразование Фиолетовым - группы ортологичных белков Оранжевым - паралоги