Практикум 6.
Белок 4ryi_B
Поиск производился по базе UniProt Clusters на уровне идентичности 50%
Худшая находка с e-value 1.9E-10 (250 hits)
Выравнивание построено по алгоритму MUSCLE с дефолтными параметрами в jalview Качество выравнивания хорошее, выделяется 6 консервативных блоков, каждая последовательность имеет участки, соответствующих минимум 2 данным блокам, однако большинство имеют фрагменты, соответствующие 4 или 5 блокам. Удаление единичных последовательностей не требуется.
После добавления структуры очевидно, что:
1. В белке 5 кросс-мембранных а-спиралей
2. Первые два консервативных блока соответствуют первой кросс-мембранной а-спирали, в выравнивании они разделены лишь из-за одной последовательности.
3. Между остальными спиралями и консервативными блоками можно установить соответствие
Картинки:
Рис. 1. Цвет. схема Hydrophobicity, without threshold.
Рис. 2. Цвет. схема Hydrophobicity, identity threshold 50%
Описание картинок:
В наших белках достаточно консервативны участки, соответствующие всем трансмембранным а-спиралям, кроме первой. Во всех трансмембранных а-спиралях преобладают гидрофобные остатки, однако имеется достаточно большое количество гидрофильных остатков, направленных «внутрь» белка, что делает его структуру более жёсткой и стабильной. В отличие от первой трансмембранной спирали, следующая за ней наружная а-спираль консервативна, данная находка согласуется с функцией белка: связывание стероидов.
Предсказание TMHMM для белка J0QTN4 совпало с реальными данными для белка 4RYI довольно точно. Отличия заключаются лишь в точных границах трансмембранных спиралей.