Задание 1
1) Поскольку у меня Windows 7, я скачала Win SCP, разрешила этой программе подключиться к серверу kodomo (поскольку он у меня уже был открыт на putty), ввела свой логин vstrukova2002, пароль, увидела все директории, перешла в директорию pr4, нашла там нужный файл, нажала на него правой кнопкой мыши, скопировала, перенесла на компьютер и открыла при помощи средства просмотра фотографий Windows.
2) В файле я увидела рисунок древней поверхности Земли с вулканами и гейзерами. На этом рисунке посередине мы видим большое озеро, которое обрамлено скалистой местностью. Очень симпатичный рисунок.
Задание 2
Эта фотография была сделана мной на заключительном этапе Всероссийской олимпиады школьников по биологии в 2019 году. Тогда она проходила в Ставрополе. Это было очень хорошее и доброе время. Пусть тогда я ничего и не заняла, я увидела своих друзей и получила море положительных эмоций.
Задание 3
1) В данной папке 88 файлов. Для того чтобы их посчитать, мы заходим в эту папку, применяем команду ls, которая покажет все файлы директории. Затем мы перенаправляем вывод команды ls на вход команды wc, которая поможет посчитать число файлов (она будет воспринимать их как отдельные слова). Применяем опцию -w, которая выведет просто число файлов в директории:
vstrukova2002@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | wc -w
Результат: 88
2) В данной папке 14 таких файлов. Сначала мы заходим в директорию /P/y20/term1/pr4/files, используем команду ls. Затем перенаправляем вывод команды ls на вход команды grep, которая найдёт все файлы с .txt. Записываем это как grep '.txt'$, все символы в одинарных кавычках воспринимаются буквально, а знак $ обозначает конец строки (т.е. где нужно искать .txt). Перенаправляем вывод команды grep на вход команды wc, которая посчитает все такие файлы, воспринимая их как отдельные слова. Используя операцию -w, можно просто вывести количество файлов с .txt:
vstrukova2002@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ ls | grep '.txt'$|wc -w
Результат: 14
3) Сначала нужно перейти в директорию P/y20/term1/pr4/files, там задаём маску файла *.fasta. При помощи команды cat и спецсимвола > мы перенаправляем вывод этой команды в файл Strukova_all.fasta в директории credits:
vstrukova2002@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ cat *.fasta >/home/students/y20/vstrukova2002/term1/block1/credits/Strukova_all.fasta
Команда cat поможет добавить в файл Strukova_all.fasta все файлы формата fasta из директории P/y20/term1/pr4/files.
Задание 4
1) Сначала нужно перейти в директорию ~/term1/block1/credits$, там при помощи команды grep нужно выбрать все необходимые строки в файле Strukova_all.fasta. Для этого задаём grep ^'>' Strukova_all.fasta, т.е. команда grep находит все строки в файле, которые начинаются с >. Затем мы перенаправляем вывод этой команды на вход в файл Strukova_all.names, который расположен в другой директории:
vstrukova2002@kodomo:~/term1/block1/credits$ grep ^'>' Strukova_all.fasta > /home/students/y20/vstrukova2002/term1/block1/credits/Strukova_all.names
Таким образом, в директории credits появится файл Strukova_all.names, где находятся все строчки файла Strukova_all.fasta, начинающиеся с >.
2) Для начала нужно зайти в директорию /P/y20/term1/pr4/files. Там нужно воспользоваться командой echo *.fasta (маской), чтобы найти все файлы в формате fasta:
vstrukova2002@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ echo *.fasta
Результат: 1.fasta Xax229_230.fasta pan1_mouse.fasta pan3_mouse.fasta
Затем нужно воспользоваться командой grep ^'>' для каждого файла, чтобы найти в них количество строк, начинающихся на символ >:
vstrukova2002@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep ^'>' 1.fasta|wc -l
Результат: 1
vstrukova2002@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep ^'>' Xax229_230.fasta|wc -l
Результат: 2
vstrukova2002@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep ^'>' pan1_mouse.fasta|wc -l
Результат: 1
vstrukova2002@kodomo:/P/y20/term1/pr4/files$ grep ^'>' pan3_mouse.fasta|wc -l
Результат: 1
3) Дополнительное.
Сначала перейдём в директорию /P/y08/Term_5/Materials/ при помощи команды cd. Затем при помощи маски команды echo *.pdb найдём файлы в формате pdb:
vstrukova2002@kodomo:~$ cd /P/y08/Term_5/Materials/
vstrukova2002@kodomo:/P/y08/Term_5/Materials$ echo *.pdb
Результат: 1DLP.pdb 1GT0.pdb 1KMY.pdb 1MNM.pdb 2B5A.pdb 5RXN.pdb 7GPB.pdb
Затем нужно два раза использовать команду grep для файла 7GPB.pdb. Сначала при помощи grep ^ATOM 7GPB.pdb найдём строки, которые начинаются на ATOM. Затем перенаправим вывод команды на вход grep HIS -c, которая находит строки, заканчивающиеся на HIS и считает их при помощи операции -c:
vstrukova2002@kodomo:/P/y08/Term_5/Materials$ grep ^ATOM 7GPB.pdb|grep HIS -c
Результат: 880
Значит, в данном белке 880 гистидинов.