Семестры

Первый
  1. общая информация о белке RBGA
  2. Особенности аминокислотного состава белка RBGA_Bacsu
  3. Третий аминокислотный остаток и фрагмент 1-3 RBGA_Bacsu
Исследование пространственной структуры RGBA_Bacsu (PDB ID 1puj)
  1. Общее описание компонентов структуры в записи PDB 1puj
  2. Торсионные (двугранные углы)
  3. вторичная структура
  4. Примеры контактов между боковыми группами а.о.
  5. контакты с лигандом
Второй
  1. Банк UniProt
  2. Поисковые системы
  3. Выравнивание последовательностей. Знакомство.
  4. Программы парного выравнивания.
  5. Blast
  6. Множественные выравнивания
  7. Паттерны и банк ProSite
  8. Семейства белков. Pfam, Interpro
  9. Блоки и мотивы: программы MEME и MAST
  10. PSI-BLAST (вариант BLAST, использующий позиционную матрицу весов)
    11. Третий
    1. Знакомство с химическим строением и структурой нуклеиновых кислот
    2. Исследование структуры тРНК
      "Исследование ДНК-белкового комплекса"
    3. Банк EMBL
    4. Blast
    5. Getorf
    6. Геномные браузеры
      7. Четвертый


        Филогенетические деревья
      1. Знакомство и реконструкция.
      2. Реконструкция. Доп.задания.
      3. Алгоритмы реконструкции.
      4. Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям.


        Функции белков.
      1. Онтологи.
      2. Классификация ферментов.
      3. Киотская энциклопедия.
      4. Мембранные белки.
      5. Эволюция доменной архитектуры.
      6. Паттерны.
      7. Контрольная работа (3 вариант).


        PyMOL
      1. Знакомство с PyMOL
      2. Работа с PyMOL
      3. MOPAC
      4. Abinitio
      5. Вычисление параметров для молекулярной механики
      6. Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики
      7. Изучение работы методово контроля температуры в GROMACS
      8. Моделирование перехода ДНК из А в В форму в GROMACS
      9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
      10. Моделирование комплекса белка с лигандом в Modeler
      11. Докинг белка с лигандом
      12. Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка.
      13. Макромолекулярый доккинг
        14. © Garanina Irina