Исследование ДНК-белковых взаимодействий
Краткое описание структуры в файле 1MHD.pdb
В файле приведены координаты атомов следующих молекул:1) С и D цепи ДНК
2) А и В цепи белка (MH1 домена)
3) SO4 [4 molecules]
4) ZN [2 molecules]
5) PSD [2 molecules]
6) HOH [32 molecules]
Для исследования использована ДНК, остаящая из C и D цепей, которые представляют ДНК со следующей последовательностью:
цепь С [1001] 5' - CAGTCTAGACATA -3' [1013]
|||||||||||||
цепь D [2014] 3' - AGTCAGATCTGTAT -5' [2001]
Функции белка, структура которого представлена в файле 1MHD.pdb
Этот белок - активатор транкрипции. Запускается TGF-beta (трансформирующий фактор роста) и активином 1 типа киназного рецептора. SMAD3 рецептор-регулируемый SMAD (R-SMAD).Исследование структуры ДНК
С помощью программ find_pair и analyze было определено, что это В-ДНК.Вsходной файл
Exel
Нуклеотид со значениями торсионных углов, наиболее отклоняющимися от средних: нуклеотид 6А из второй цепи ДНК(D)
Исследование природы ДНК-белковых контактов
Скрипт (множесто атомов азота в азотистых основаниях; изображения в скрипте: 1.)вся структура; 2) ДНкв проволочной модели; 3) то же, но с выделенными шарами атомов заданных трех множеств)Контакты разного типа в заданном комплексе
Считала неполярным астомы угларода, фосфора и серы, а полярным - кислорода и азота.
Полярный контакт - если расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше, чем 3.5A.
Соответственно, неполярный контакт - пара неполярных атомов на растоянии менее 4.5A /
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 9 | 10 |
| остатками фосфорной кислоты | 9 | 2 | 11 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 8 | 6 | 14 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью команды nucplot.
