Задание 1.
Выбранный для изучения остаток С28 из цепи В в В-форме ДНК:
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Большая бороздка | N3 O2 C2 | C4 C5 C6 N4 | C4 C5 C6 N4 |
| Малая бороздка (A) | C4 C5 C6 N4 | N3 O2 C2 | N3 O2 C2 |
| Остов | N1 | N1 | N1 |
Задание 2. Cпиральные параметры разных форм ДНК
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (A) | 28,03 | 33,75 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (A) | 16,81(С12А.P-ТВ1В.P) | 17,21(A26B.P-C12A.P) | 9,87(C8A.P-G17B.P) |
| Ширина малой бороздки (A) | 7,98(T11A.P-C24B.P) | 11,69(C20A.P-G25B.P) | 7,20(G19B.P-G5A.P) |
Задание 3. Сравнение торсионных углов в структурах А- и В-форм.
| α | β | γ | δ | ε | ξ | χ | |
| B-форма | -29,89 | 136,35 | 31,14 | 143,4 | -140,77 | -160,50 | -34,33 |
| B-форма в презентации | -63 | 171 | 54 | 123 or 131 | 155 | -90 | -117 |
| A-форма | -51,69 | 174,8 | 41,69 | 79,11 | -147,78 | -75,13 | 85,18 |
| A-форма в презентации | -62 | 173 | 52 | 88 or 3 | 178 | -50 | -160 |
Задание 4.1. Сравненеи торсионных углов в структурах А-, B- и Z-форм. (на примере последовательности gatc)
| α | β | γ | δ | ε | ξ | χ | |
| B-форма | -29,9 | 136,4 | 31,2 | 143,3 | -140,8 | -160,50 | -98,0 |
| A-форма | -51,7 | 174,8 | 41,7 | 79,1 | -147,8 | -75,1 | -157,2 |
| Z-форма | -139,5 or 51,9 | 179,0 or -136,8 | 50,9 or -173,8 | 137,6 or 94,9 | 103,6 or -96,5 | 82,0 or -64,8 | 58,7 or -154,3 |
Задание 4.2. Торсионные углы в тРНК
| α | β | γ | δ | ε | ξ | χ | |
| среднее значение | -48,5 | 11,4 | 49,2 | 89,7 | -152,6 | -72,50 | -144,2 |
Задание 4.3. Торсионные углы в ДНК
| α | β | γ | δ | ε | ξ | χ | |
| среднее значение(для Strand I) | -36,4 | 31,4 | 4,4 | 140,0 | -102,7 | -60,5 | -109,2 |
| среднее значение(для Strand II) | -49,3 | 90,5 | 14,0 | 140,5 | -102,0 | -86,8 | -94,3 |
Отклоняющиеся углы в нуклеотидах:
Strand I
G3: α=131, γ=-143
A8: α=-144, ε=-53
Strand II
A6: δ=-133
G9: δ=-177
Задание 4.4. Структура водородных связей
Номера нуклеотидов, образующих стебли(stems) во вторичной структуре заданной тРНК:
Акцепторный стебель: 901-907 и 972-966
D-стебель: 910-913 и 925-922
T-стебель: 949-952 и 965-962
Эта структура содержит 9 неканонических пар.
В данной тРНК есть дополнительные водородные связи, между 4 парами оснований, стабилизирующие ее третичную структуру.
Задание 4.5. Стекинг-взаимодействия
Стекинг-взаимодействие с максимальной площадью перекрывания(13,25)
Стекинг-взаимодействие с минимальной площадью перекрывания (1,52)
