Отчетное занятие по 2 блоку.

Главная

Семестры

Мои проекты

Контактная
информация

Заметки

Задание 1-3.

Книга Excel , включающая информацию обо всех открытых рамках считывания в фрагменте генома S.pneumoniae из записи EMBL AAGY02000003 с с 1 по 7001 нуклеотид. Для каждой рамки указано: начало во фрагменте, конец во фрагменте, направление (прямое или обратное), число сходных последовательностей, найденных программой BLAST в протеоме B. subtilis при условии E-value<0,001.

Задание 4.

Таблица , содержащая информацию только для тех открытых рамок, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность. Кроме того, в отчётной таблице присутствовуют два дополнительных столбца, в которых приведены идентификатор самого близкого из найденных белков B. subtilis и E-value находки.

Задание 3. Поиск гомологов при изменённых параметрах программы BLASTN

Задание 5.

Схематическое изображение положения на фрагменте тех открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в B. subtilis.

3'-----[<= GMUR, 671-1396]------------------------------------------------------------------------------[<= GBSB, 5883-6998]--------------5'   
5'------------------[=> GMUD, 1509-2960]-[=> PTJC, 2975-4273][=> PTJB, 4200-4586][=> PTEA, 4568-4891]-------------------------------------3'       
                                                    <перекрывание>      <перекрывание>

Задание 6.

Для поиска участков ДНК, кодирующих данные белки, в B. subtilis я использовала tblastn:

tblastn -query protein.fasta -db bs_n -out tblastn.fasta -evalue 0.001 -outfmt 6
где protein.fasta - документ со всеми искомыми белковыми последовательностями 
    bs_n - база данных (нуклеотидные индексные файлы)по геному B. subtilis

В результате:

3'--------------------------------------------------------------[<= GBSB, 3183870-3185075]-[<= PTJC, 3960195-3961550]-[<= PTJB, 3961569-3961874]--5'   
5'-[=> PTEA, 626933-627262]-[=> GMUD, 628630 - 630024]--[=> GMUR, 630170-630880]------------------------------------------------------------------3'

Видно, что у генов белков GBSB_BACSU, GMUD_BACSU, PTEA_BACSU осталось неизменным, на какой из цепей они находятся; остальные 3 гена поменяли цепь. При этом можно сказать о консервативности расположения PTJC_BACSU и PTJB_BACSU (в обоих случаях они располагались рядом(в первом даже перекрывались) и в одинаковом порядке, к тому же эти гены "дружно" "перебежали" с кодирующей на комплементарную цепь). С остальными 4 генами белков такого не наблюдалось: либо из-за смены цепей, либо из-за смены положения относительно друг друга говорить о консервативности положения не приходится.