Задание 1.
Даны последовательности десяти РНК-зависимых РНК полимераз (RdRP) вирусов из pfam семейства pf00680. Для одной из них известна пространственная структура Подготовить фрагмент выравнивания этих последовательностей для построения профиля всего семейства.
Было получено выравнивание: Результат.
Задание 2. Построение ROC-кривой
Провела поиск по белкам вирусов из SwissProt, взяв все находки с весом > 0,7
Для построения ROC-кривой использовала функции:
X(1-специфичность)=1-СЧЁТЕСЛИ(B3:B$191;"<>"&"Y")/СЧЁТЕСЛИ(B$2:B$191;"<>"&"Y")
Y(чувствительность)=СЧЁТЕСЛИ(B$2:B2;"Y")/СЧЁТЕСЛИ(B$2:B$191;"Y")
Получилась ROC-кривая:
Таблица с результатом.
Задание 3. Таблица результатов для порога 0,99.
Я взяла порог для разделения членов семейства от иных последовательностей равным 0,99. Для него справедлива таблица:
Таким образом ошибок в предсказании нет, процент правильно предсказанных среди всех RdRP 100% (чувствительность), специфичность ( процент правильно не предсказанных среди не RdRP) также равна 1.
Вывод: или участок выравнивания, выбранный для построения профиля был достаточно хорошим, или где-то есть ошибка))