3DNA. fiber.

Справка по fiber выдает следующую информацию:

Fiber data in directory: /home/preps/golovin/progs/X3DNA/FIBER/            # Отсюда берем программу.
===========================================================================
NAME
        fiber - generate 55 fiber models based on Arnott and other's work  
SYNOPSIS
        fiber [OPTION] PDBFILE
DESCRIPTION                                                                # Описание, в котором говорится:
        generate 46 fiber models based on the repeating unit from Arnott's #  программа генерирует 46 моделей, по наработкам Арнотта;
        work, including the canonical A-, B-, C- and Z-DNA, triplex, etc   #  включены канонические A-, B-, C- и Z-ДНК, триплексы и т.д. 
        -num     a structure identification number in the range (1-46)     #  -num дает на вход программе один из 46 вариантов структуры,
        -m, -l   brief description of the 46 fiber structures              #  -m, -l просят программу описать 46 нпитчатых структур,
        -a, -1   A-DNA model (calf thymus)                                 #  -a, -1 задает А-ДНК модель,
        -b, -4   B-DNA (calf thymus, default)                              #  -b, -4 задает B-ДНК модель,
        -c, -47  C-DNA (BII-type nucleotides)                              #  -c, -47 задает C-ДНК,
        -d, -48  D(A)-DNA  ploy d(AT) : ploy d(AT) (right-handed)          #  -d, -48 задает правозакрученную D(A)-ДНК для A-T,
        -z, -15  Z-DNA poly d(GC) : poly d(GC)                             #  -z, -15 задает Z-ДНК для GC-последовательностей,
        -h         this help message (any non-recognized options will do)  #  -h выдает данную справку.
INPUT
        An structural identification number (symbol)                       # На вход программе требуется ID структуры.
EXAMPLES
        fiber -a fiber_A.pdb                                               # Пример запроса к команде.
OUTPUT
        PDB file                                                           # Выходной файл - типа PDB (Protein Data Base).
SEE ALSO
        analyze, anyhelix, find_pair
AUTHOR
        Written by Xiang-Jun Lu at Wilma K. Olson Laboratory at Rutgers    # Авторы.
        Check URL: http://rutchem.rutgers.edu/~xiangjun/3DNA/
        Report bugs to 
===========================================================================

Вывод: с помощью данной программы можно посторить предполагаемую в научном мире трехмерную модель нужной нам нуклеиновой кислоты. Можно графически выразить такие её свойства, как характер закрученности, длина витка, наличие и характеристики бороздок, длины и количество связей между нуктлеотидами.

С помощью Putty, протокола ssh присоединилась к серверу kodomo.cmm.msu.ru. С помощью команд ls и cd .. перешла в рабочую директорию Term3/Pr2.
Команды, указывающие путь к пакету 3DNA:

export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/X3DNA/bin

export X3DNA=/home/preps/golovin/progs/X3DNA

Дальнейшие действия:

fiber -h # Получаем справку по fiber, результаты описаны выше.

fiber -a gatc-a.pdb

                                                               # Получаем такой результат:
agalicina@kodomo:~/Term3/Pr2$ fiber -a gatc-a.pdb              # Введенная команда.           
Fiber data in directory: /home/preps/golovin/progs/X3DNA/FIBER/# Берем данные для работы из директории...
Structure #1; Twist: 32.7 (degrees); Rise: 2.548 (Angstrom)    # Выбран тип структуры, характеристики. 

Input your base sequence with only A,C,G & T:                  # Введите базовую последовательность, содержащую только A,C,G и T: 
1. From a data file (complete sequence)                        #     из файла,  
2. From keyboard (enter only the repeating sequence)           #     с клавиатуры. 
Your choice (1 or 2, Dft: 2): 2                                # (Вводим ответ) Пользователем выбран вариант 2.   
                                                               
Repeating unit (Dft: polyA): gatc                              # Повторяющаяся единица: (вводим) gatc
Repeating unit: GATC                                           
Number of repeats (Dft: 10): 5                                 # Количество повторов: (вводим) 5     
							       # Создан файл gatc-a.pdb с требуемой структурой.

fiber -a gatc-a.pdb

                                                               # Получаем такой результат:
agalicina@kodomo:~/Term3/Pr2$ fiber -b delete.pdb
Fiber data in directory: /home/preps/golovin/progs/X3DNA/FIBER/
Structure #4; Twist: 36.0 (degrees); Rise: 3.375 (Angstrom)

Input your base sequence with only A,C,G & T:
1. From a data file (complete sequence)
2. From keyboard (enter only the repeating sequence)
Your choice (1 or 2, Dft: 2): 2

Repeating unit (Dft: polyA): gatc
Repeating unit: GATC
Number of repeats (Dft: 10): 5
							       # Создан файл gatc-b.pdb с требуемой структурой.

fiber -a gatc-a.pdb

                                                               # Получаем такой результат:
agalicina@kodomo:~/Term3/Pr2$ fiber -z delete.pdb              # Введенная команда.                                               
Fiber data in directory: /home/preps/golovin/progs/X3DNA/FIBER/# Берем данные для работы из директории...                         
Structure #15; Twist: -60.0 (degrees); Rise: 7.250 (Angstrom)  # Выбран тип структуры, характеристики.                            
Repeating unit: GC:GC                                          # Повторяющаяся единица - GC:GC 
Number of repeats (Dft: 10): 5                                 # Количество повторов: (вводим) 5                                  
                                                               # Создан файл gc-z.pdb с требуемой структурой.

Полученные файлы:
gatc-a.pdb
gatc-b.pdb
gc-z.pdb

Проверка файлов в RasMol:

Задание 1. Пакет инструментов 3DNA. Программа fiber.

Описание программы fiber.

Последовательность команд для выполнения задания