Задача: научиться выделять разные атомы и химические группировки,
используя предопределенные множетва RasMol. Используются файлы
из Задания 1
Для выполнения этого задания мною был использован скрипт:
script.spt
Поочередно применялся для каждой формы ДНК. Итак, поочередно для a,b,z- форм ДНК.
- Cахарофосфатный остов ДНК окрашен по атомам:
- Все нуклеотиды:
Все нуклеотиды - означает вся ДНК. Обозначены названия и номера остатков. Можно проследить
ход и шаг спирали.
- Все адениновые нуклеотиды выделены желтым, их фосатные остатки обозначены в форме NameNumber:Chain.AtomName:
Замечаем, на один виток a-формы приходится, b-спирали - 10 нуклеотидов.
- Оставлены только все аденины в раскраске по атомам:
Для получени такого результата, была использована команда
select a and not backbone
- Атом N7 во всех гуанинах и/или только в первом по последовательности выделен зеленым,
представлен в шариковой модели, подписано навзание в форме NameNumber:Chain.AtomName:
Замечаем, на один виток z-спирали - 4 нуклеотидa:
В таблице
заданы идентификаторы PDB. Мои идентификаторы: 1IL2 и 1ODH
Сооответствующие страницы на
сайте PDB:
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1il2:
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1odh:
Biological Assembly 1 для 1IL2:
Biological Assembly 2 для 1IL2:
Asymmetric Unit для 1IL2:
Asymmetric Unit для 1ODH:
Biological Assembly для 1ODH:
Полученные PDB:
1IL2.pdb и
1ODH.pdb
Короткая характеристика объектов.
Структура 1IL2 являет собою нечто, называемое "Aspartyl-tRNA Synthetase:Yeast tRNAasp:aspartyl-Adenylate Complex",
то есть Аспартил-аденилатный комплекс аспартил-тРНК Синтазы E.coli и аспартил-тРНК дрожжей.
Её кристаллическая структура призвана выявить молекулярные детали специфичности присоединения синтазы к определенной тРНК, в данном
случае - тРНК аспарагиновой кислоты.
Структура представленна асимметричным димером: два объединения белок-тРНК. Причем, тРНК входит в активный сайт белка только у одной
из субъединиц. Тем не менее, flipping loop, контролирующий положение субстрата - аминокислоты, действует как крышка и предопределяет
правильную позицию терминального аденозина. Предполагается, что движение loop контролируется сахаро-фосфатными взаимодействиями в белке.
Исследования мутантных тРНК доказывают, что основную роль в механизме контроля играе именно третичная структура тРНК.
Структура содержит несколько лигандов, в том числе HOH, SO4 и ASPARTYL-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE (AMO).
В состав тРНК входят модифицированные нуклеотиды:
PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE (PSU),
5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE (H2U),
1N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE (1MG),
5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE (5MC),
5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (5MU).
1ODH - струтура, отображающая связь GCM транскрипционного фактора и ДНК. GCM расшифровывается как "отсутствие клеток нейроглии"("Glia
cell missing"). Прототипичные GCM белки дрозофилы управляют дифференциацию нейронного предшественника в клетку нейроглии. Но GCM белки
млекопитающих вовлечены в развитие плаценты и паращитовидной железы.
Все GCM белки имеют высоко консервативный участок из 150 аминокислот, отвечающий за связывание ДНК: GCM-домен.
Представленная структура является GCM-доменом мыши, связанным с соответствующим октамером ДНК.
GCM-домен проявляет необычные особенности фолдинга: он состоит из двух доменов, связанных через два структурных иона цинка.
Исследована новая способность бета-листов узнавать ДНК: в 1ODH пятисложенный бета-лист выдается в большую бороздку ДНК перпендикулярно
спирали ДНК.
Структура 1ODH представляет собою комплекс двухцепочечной ДНК и белка.
Разрывы в нити отсутствуют. При выполнении команды:
restrict dna
Получается такое:
Наличие одной неразрывной цепи ДНК, белковой субъединицы, четырех молекул воды и два атома цинка
подтверждаются информацией на сайте и в файле PDB.
Со структурой 1IL2 всё уже не так просто. Последовательность команд:
select rna or ligand
restrict selected
backbone 50
cpk 30
Получаем такие две непрерывные цепи РНК и лиганд между ними:
