Классификация ферментов (EC). Занятие 5


Задания:

  1. Сбор информации о ферменте
  2. Ферменты человека с близкими функциями в Swiss-Prot
  3. Сохраняемость функции фермента у белков со сходными последовательностями

1. Получение информации о ферменте MECR_HUMAN


Название фермента: MECR_HUMAN
EC-код фермента: 1.3.1.38
Расшифровка классификации:
класс - 1 - оксидоредуктазы
подкласс - 2 - Воздействующие на CH-CH группу доноров
подподкласс - 3 - с NAD+ ил NADP+ в качестве акцептора

Схема реакции:
acyl-CoA + NADP+ = trans-2,3-dehydroacyl-CoA + NADPH + H+
Субстрат: ацил-КоА и NADP+.
Продукты: транс-2,3-дегидроацил-КоА, NADPH и H+.
Полное название:
транс-2-еноил-КоА редуктаза (NADPH); NADPH-зависимая транс-2-еноил-КоА редуктаза; редуктаза, транс-еноил коэнзим Ф; транс-2-еноил-КоА редуктаза (NADPH2)
Принимает участие в:
элонгации жирных кислот в митохондриях и биосинтезе ненасыщенных жирных кислот.

Информация взята из базы данных LENZYME с помощью сервиса SRS на EBI.

2. Ферменты человека с близкими функциями в Swiss-Prot

Полученная таблица:
ЗапросКоличество хитов
*.*.*.*4492
1.*.*.*566
1.3.*.*49
1.3.1.*28
1.3.1.382


Пример использованного запроса: [SWISSPROT-org:human]&[SWISSPROT-ecn:1.3.1.38]

3. Сохраняемость функции фермента у белков со сходными последовательностями

Запрос: (([swissprot-Organism:Mus*]&[swissprot-Organism:musculus*])&[swissprot-ECNumber:1.*.*.*])
Number Subject EC % identity a. length mismtches gap opens evalue bit score
1 MECR_MOUSE 1.3.1.38 81.77 373 68 0 0.0 622
2 VAT1L_MOUSE 1.-.-.- 26.51 215 150 2 3e-16 74.3
3 QOR_MOUSE 1.6.5.5 24.57 293 199 6 5e-15 70.1
4 QORL2_MOUSE 1.-.-.- 26.10 249 172 3 1e-13 66.2
5 VAT1_MOUSE 1.-.-.- 31.05 219 131 5 1e-12 63.5
6 ADH7_MOUSE 1.1.1.1 23.24 327 191 10 3e-10 55.8
7 ADH1_MOUSE 1.1.1.1 40.00 75 43 1 7e-10 54.7
8 ZADH2_MOUSE 1.-.-.- 24.30 284 181 9 4e-09 52.4
9 FAS_MOUSE 1.3.1.10 1.1.1.100 24.90 245 167 5 1e-08 52.0
10 ADHX_MOUSE 1.1.1.1 22.75 255 132 7 2e-08 50.1
11 PTGR1_MOUSE 1.3.1.-; 1.3.1.48; 1.3.1.74 21.74 207 147 4 1e-07 47.8
12 ADH4_MOUSE 1.1.1.1 32.58 89 55 2 4e-07 46.2
13 QORL1_MOUSE 1.-.-.- 29.27 164 100 6 1e-05 41.6
14 DHSO_MOUSE 1.1.1.14 23.10 303 198 10 3e-04 37.0
15 RDH14_MOUSE 1.1.1.- 32.65 49 33 0 0.10 29.3
16 DHI1_MOUSE 1.1.1.146 25.37 67 46 1 0.33 27.3
17 RDH13_MOUSE 1.1.1.- 32.69 52 32 1 0.45 26.9
18 ACD10_MOUSE 1.3.99.- 28.57 49 28 2 1.6 25.4
19 DHR11_MOUSE 1.-.-.- 29.27 41 29 0 2.2 24.6
20 RDH12_MOUSE 1.1.1.- 31.43 35 24 0 3.6 24.3
21 RDH11_MOUSE 1.1.1.300 31.43 35 24 0 6.2 23.5
22 DHR13_MOUSE 1.1.-.- 31.43 35 24 0 9.2 22.7


Много совпадений с группой: 1.1.1.* (оксидоредуктазы, действующие на CH-OH группу доноров, с NAD+ или NADP+ в качестве акцепторов).
Первое совпадение явно из другого подкласса: 1.6.5.5 (оксидоредуктазы, действующие на NADH или NADPH, с хиноном или другим подобным соединением в качестве акцептора).

Главная страница
Страница семестра
© Галицына Александра, 2012