Исследование структур ДНК

Основные параметры структур ДНК

	A-форма	B-форма	Файл dna32.pdb
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	правая
Шаг спирали (Å)	28.028	33.752	30.594
Число оснований на виток	11	10	10
Ширина большой бороздки	7.983 (A6:A-G21:B)	17.216 (C24:B-A6:A)	16.393 (A17:В-A5:А) - (средняя - 16.4)
Ширина малой бороздки	16.969 (T31:В-G5:А)	11.691 (C24:B-G13:A)	13.299 (T20:В-G9:А) - (средняя - 12.5)

Эта ДНК имеет В-структуру, судя по кол-ву нуклеотидов в витке, длине витка и среднему значению ширины бороздок.

Торсионные углы структур ДНК

Значения соответствующих торсионных углов одинаковы для каждой пары оснований и в А-форме, и в В-форме.

	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
А-форма	-51.7	174.8	41.7	79.1	-147.8	-75.1	-157.2
В-форма	-29.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98.0

В случае Dna32 углы не одинаковы для каждой пары, диапазон значений довольно широкий.

Dna32 Strand 1 α β γ δ ε ζ χ 1. C --- --- -133.5 119.1 -154.8 -117.7 -136.3 2. G -38.1 -171.5 22.8 145.4 164.0 -63.3 -96.9 3. C -56.4 -127.5 20.2 167.6 -176.5 -144.5 -82.9 4. A -44.8 134.7 80.8 94.0 -177.1 -105.6 31.1 5. A 145.5 -129.9 178.1 106.2 -143.4 -76.6 -153.9 6. G -21.8 -170.4 -23.1 172.1 -147.6 -133.6 -85.3 7. C -52.5 145.7 44.0 123.1 -100.7 178.6 -120.5 8. T 62.4 -175.3 -131.5 167.3 -120.2 -166.3 -104.9 9. G -56.0 146.7 30.3 131.3 150.8 -53.6 -110.1 10. G -58.0 -133.2 32.1 165.6 -175.2 -145.7 -82.3 11. C -66.3 152.4 72.8 153.4 -157.4 -112.6 -109.2 12. G 41.9 -177.3 -72.5 155.1 --- --- -91.2 ср.значения -13,10 -45,96 10,04 141,68 -94,37 -85,54 -95,20

Dna32 Strand 2 α β γ δ ε ζ χ 1. G 14.4 -170.6 -26.1 124.9 --- --- -110.7 2. C 0.8 122.3 -2.8 157.3 -178.1 -143.7 -81.9 3. G -69.6 -159.7 52.8 154.8 -127.6 159.3 -94.0 4. G -129.8 147.6 81.8 130.2 166.5 -83.7 -106.8 5. T 39.9 114.7 -24.6 168.3 -90.4 170.8 -74.0 6. C -77.6 142.8 83.0 90.3 160.7 -83.7 -132.4 7. G -2.9 165.8 -39.2 173.6 -161.3 -133.6 -81.0 8. A -36.5 140.0 33.4 162.1 -112.7 -176.8 -96.4 9. A 9.3 162.8 -11.3 158.3 -153.5 -145.4 93.0 10. C -45.0 120.5 69.3 74.3 -152.8 -115.6 -149.2 11. G -1.5 173.3 -3.9 163.2 -154.7 -128.8 -99.7 12. C --- --- 158.0 101.5 -167.8 -124.5 -145.9 ср.значения -27,14 87,23 30,87 138,23 -88,34 -73,25 -89,92

Ниже - сравнение значений торсионных углов А- и В-форм и Dna32.

	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
А-форма	-51.7	174.8	41.7	79.1	-147.8	-75.1	-157.2
В-форма	-29.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98.0
Dna32 ср.значения	-13,10 -27,14	-45,96 87,23	10,04 30,87	141,68 138,23	-94,37 -88,34	-85,54 -73,25	-95,20 -89,92

Видно, что средние значения торсионных углов Dna32 в целом больше похожи на значения углов В-формы (кроме угла ζ).

Стопочные модели структур ДНК

Cлева направо: А-форма ДНК, В-форма ДНК, фрагмент ДНК (A-форма) из файла Dna32.pdb.
Вид с торца (команда pdb2img -bcu Х.pdb Х.ps, где Х - имя файла).
Вид сбоку (команда rotate_mol -b Х.pdb ХХ.pdb, где Х - имя файла).

Главная страница > Третий семестр > Исследование структур ДНК