Отчет по EMBL

Задание 2.1. Сравнение разных записей в EMBL

ID записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последова- тельности
AP009048	genomic DNA	STD	PRO	22-Jan-2006	E. coli W3110 DNA, complete genome	4646332
J03762	genomic DNA	STD	PRO	16-Jul-1988	E. coli thioredoxin reductase gene, complete cds	1202
L21749	genomic DNA	STD	PRO	23-Jul-1993	E. coli cydD gene, complete cds; thioredoxin reductase gene and cydC gene, partial cds	3486
M95935	genomic DNA	STD	PRO	17-Nov-1992	Escherichia coli htrD gene, complete cds.	1288
U00096	genomic DNA	STD	PRO	23-Feb-2006	E. coli K12 MG1655, complete genome	4639675

Две записи содержат полный геном кишечной палочки различных штаммов, две записи содержат ген тиоредоксин редуктазы, причем одна запись – полную версию, а другая – только часть (плюс еще один частичный и один полный гены) – 24% общей длины.

Задание 2.2. Сравнение описаний гена E. coli в двух разных записях EMBL

	I	II
ID записи	J03762	U00096
Начало гена в записи	86	930308
Конец гена в записи	1051	931273
Направление гена	прямое	обратное
Примечания	В записи один полный ген тиоредоксин редуктазы	Полный геном E.coli K12

Т.к. запись, не содержащая полный геном, но в состав которой входит нужный ген целиком, была только одна, я вырезала нужный ген из записи U00096 (полный геном) и выровняла с помощью программы needle, и идентичность составляет 99,9%, что говорит о том, что запись содержит нужный ген тиоредоксин редуктазы. Есть одна замена: 487-го нт - 1-й позиции кодонов CTG и TTG, причем эта замена оказалась синонимичной: оба кодона кодируют аминокислоту лейцин.

Задание 3

Мой ген – GDI в записи L44140.
1. Ген на прямой цепи:
--[107607..107728]--...—[112949..113280]-->
2. Общее число экзонов в гене – 11. (посчитано с помощью grep "exon" gdi.entret -wc)
3. Длина самого длинного и самого короткого интронов – 1222 и 90 нт.
4. Длина самого длинного и самого короткого экзонов – 331 и 54 нт.

См. книгу.

Главная страница > Третий семестр > Отчет по EMBL