Исследование тРНК

1. Полученный ID - 1gts. Эта РНК - Gln-tRNA synthetase (ассоциированная с AMP и собственно Gln-tRNA) из Escherichia coli.

2. Последовательность тРНК: GGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA. Нумерация: с №2 по №76. В состав РНК не входят никакие модифицированные основания. В поле HETATM тоже нет модифицированных оснований - только атомы, принадлежащие ATM и воде. В нумерации 1 вставка: нет нуклеотида №17.

3. 4 спирали.
GGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA
1. Спираль 2-7 и 66-71 (длина 6). Покрашена красным.
B:...2_:[..G]G-----C[..C]:..71_:B B:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:B B:...4_:[..G]G-----C[..C]:..69_:B B:...5_:[..G]G-----C[..C]:..68_:B B:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:B B:...7_:[..A]A-----U[..U]:..66_:B
2. Спираль 26-33 и 37-44 (длина 8). Покрашена зеленым.
B:..37_:[..A]A-*---U[..U]:..33_:B B:..38_:[..U]U-*---U[..U]:..32_:B B:..39_:[..U]U-----A[..A]:..31_:B B:..40_:[..C]C-----G[..G]:..30_:B B:..41_:[..C]C-----G[..G]:..29_:B B:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:B B:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:B B:..44_:[..C]C-*---A[..A]:..26_:B
3. Спираль 10-12 и 23-25 (длина 3). Покрашена желтым.
B:..10_:[..G]G-----C[..C]:..25_:B B:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:B B:..12_:[..C]C-----G[..G]:..23_:B
4. Спираль 49-53 и 61-65 (длина 5). Покрашена синим.
B:..49_:[..C]C-----G[..G]:..65_:B B:..50_:[..G]G-----C[..C]:..64_:B B:..51_:[..A]A-----U[..U]:..63_:B B:..52_:[..G]G-----C[..C]:..62_:B B:..53_:[..G]G-----C[..C]:..61_:B

GGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA

4. На рисунках РНК спирали покрашены в соответствии с зад.2.

Скрипт для создания картинки здесь

Внеспиральные стекинг-взаимодействия

Примеры внеспиральных стекинг-взаимодействий - взаимодействия между парами G73, C75, A76 (слева направо).

Неканонические взаимодействия оснований

Примеры неканонические взаимодействий - взаимодействия между парами A13-A45 и G18-U55, A26-C44, U32-U38 (по две картинки на пару, слева направо).

и

Примеры неканонические взаимодействий - взаимодействия между парами A26-C44 и U32-U38 (две картинки на 1-ю пару и одна на 2-ю, слева направо).

и

Спирали тРНК похожи больше на А-форму ДНК: по внешнему виду (полости в спиралях, шаг и др.), по стекинг-взаимодействиям.

Сравнение работы двух программ по поиску спиралей

При подаче на вход fasta-последовательности тРНК программа einverted (Gap penalty=5, Min.score=10, Match score=3, Mismatch score=-2) нашла всего 1 сравнительно длинную спираль с идентичностью 80%, пересекающуюся с двумя спиралями, найденными программой find_pair.

Предсказание вторичной структуры тРНК

Подавалась на вход fasta-последовательность тРНК Наиболее похожей на предполагаемую мной вторичную структуру тРНК оказалась структура №3 (при Р=15%, при других значениях Р структура также оказывается третьей по счету) из-за того, что в других было по 3 стебля вместо 4-х и из-за несходства мультипетли.

Главная страница > Третий семестр > Исследование тРНК