Мне была дана выборка белковых последовательностей. С помощью ClustalW было построено множественное выравнивание, затем оно было обработано программой protdist (на сервере Пастеровского института) и было построено дерево по алгоритму Neighbor-Join (визуализировано и скобочные формулы).
Были покрашены в разные цвета различные группы ортологов. Если бы в задании были полные протеомы этих организмов, то можно было бы более уверенно говорить об ортологах. Принцип раскраски: сходные последовательности из разных организмов были отнесены к ортологам. К паралогам были отнесены последовательности из одного организма и близких групп, например, X26_PANTR и X27_PANTR.
Была замечена одна ветвь, в которой присуствует очень близкие паралоги (два белка из организма цыпленка - покрашены жирным и обведены красным), и появилось подозрение, что названия таксонов были перепутаны. Но ничего подобного среди белков других таксонов не было обнаружено, поэтому однозначно вывод - это "ошибка" или недавно разошедшиеся паралоги - сделать нельзя: слишком мало для этого данных, нужны полные протеомы.
То, что получилось. Оригинал файла здесь.
Затем была построена табличка с ID видов и построено дерево с помощью NCBI.
То, что получилось. Оригинал файла здесь.
Несоответствий с филогенетическим деревом таксонов не выявлено. Из предыдущего дерева видна близость человека обезьяне (близкое - шимпанзе, высшему примату, и значительно более дальнее - галаго, низшему примату), более дальнее родство с остальными млекопитающими, причем родство с собакой более близкое, чем со свиньей (что, правда, опровергается психологическими исследованиями) и очень дальнее родство с аллигатором и курицей, что соответствует филогенетическому дереву таксонов (неподписанная ветвь - корень).
