Элементарные эволюционные события

1. Мой белок - TRXB_ECOLI. С помощью BLASTP найден предполагаемый ортолог этого белка TRXB_VIBCH, также аннотированный как тиоредоксин редуктаза (Id=82%). Соответствующие гены редуктаз - кишечной палочки и холерного вибриона.
2. Построены белковые и нуклеотидные выравнивания с помощью программы needle (параметры по умолчанию), причем они друг другу не соответствуют. Был назначен больший штраф за открытие гэпа - 20.0, и варьировались значения штрафа удлиннения гэпа от 2.0 до 3.0, но полного соответствия так достигнуто не было, наилучший вариант также содержит три подряд идущих гэпа в середине, что соответствует одному гэпу в середине белкового выравнивания. И, кроме того, "хвосты" выравниваний не соответствуют друг другу из-за того, что "хвосты" белков различны.
3. PAL2NAL - программа, преобразующая множественное выравнивание последовательностей белков и соответствующих ДНК (или мРНК) в выравнивание с разбивкой на кодоны. Программа выдает это выравнивание даже если поданный на вход фрагмент последовательности ДНК содержит участки, не соответствующие белковой последовательности, UTRs и полиадениновые "хвосты", а также анализирует псевдогены (программа справляется со сдвигом рамки считывания). По полученному выравниванию с помощью программы PAML может посчитать число синонимичных (Кs) и несинонимичных (Ka) замен на 1 сайт.
4. Была запущена программа PAL2NAL (на основе выранивания белков и пары последовательностей генов), получено выравнивание. Нуклеотидное выравнивание PAL2NAL, полностью соотвтетствуя белковому, биологически более достоверно, чем нуклеотидное выравнивание NEEDLE (тем более что даже наилучший вариант не совпадал с белковым выравниванием был достигнут введением больших штрафов за введение гэпа - абсолютное м по сравнению с штрафом за его удлинение).
Также было посчитаны Ka, Ks и Ka/Ks. Для этого выл выбран ответ "yes" в пунктах "Remove gaps, inframe stop codons" и "Calculate Ks and Ka".
Ks = 50.1689
Ka = 0.1300
Ka/Ks = 0.0026
Ka/Ks<<1 => можно говорить о значительном стабилизирующем отборе.

Главная страница > Четвертый семестр > Элементарные эволюционные события