Для того, чтобы получить полную запись моего белка в базе данных Uniprot из RefSeq protein я воспользовалась функцией ID Mapping. В итоге, новая запись моего белка: Q088B8. entret uniprot: Q088B8 Для удобство поиска нужной информации из записи белков, я использовала команду grep. Сравнительная характеристика представленна в данной таблице. Для практикума нам предлагалось ответить на некоторые вопросы из которых я выбрала 3:
Далее я решила сравнить описание моего белка с описанием его ортологов. Ортологи - это гомологичные белки, возникшие в результате видообразования. Я искала ортологи в организмах того же рода - Shewanella. Для этого воспользовалась функцией Advanced Search: в поле (Field) выбрала Taxonomy (OC) и в поле Term написала Shewanella. В итоге на экран были выведены записи белков, выделенные из организмов, у которых в таксономии встречается Shewanella. Я выбрала две из таких записей: Q9S0K7 и O87948. Для того, чтобы просмотреть записи, я воспользовалась пакетом EMBOSS, установленном в PUTTY. Чтобы получить файлы, были сделаны следующие запросы:
entret uniprot: Q9S0K7
entret uniprot: O87948
1) Какие ионы связываются с белком?
2) Какие участки белка (напишите номера аминокислотных остатков) участвуют в связывании лиганда? Какого?
3) Какой функции этого белка посвящена одна из статей, упомянутых в записи?.
Ответы на данные вопросы также можно увидеть в таблице во второй ее части.
Чтобы просмотреть общее число ортологов своего белка я просто воспользовалась поиском (Search), введя в окно запроса (Query) название, т.е. succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase. В итоге юыло найдено 1820 результатов, из которых все находились в базе данных TrEMBL, т.е. все эти 1820 белков были автоматически описаны и не проверены человеком.
АТФ-синтаза – белок, состоящий из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе АТФ – молекул, аккумулирующих энергию. В поисковой строке я ввела запрос Shewanella frigidimarina NCIMB 400 | Sfri_3056 , был найден 2601 оперон, из которых подходящий располагался на 15 позиции. Основываясь на информацию из базе данных DOOR2, в оперон входит 6 генов. Когда же я описывала белок ( перейти на страницу с описанием ), я предположила что оперон включает в себя 9 генов. Удивительно, что гены, кодирующие β- и ε-субъединицы АТФ-синтетазы типа FоF1, не входят в состав оперона. Расположение генов изображено на Рис.1.
Далее я нашла оперон своего белка. По запросу NC_008345.1 | Sfri_0536 было найдено 1886 оперонов, из которых мне подошла запись на 4 позиции с ID 1865891. Оказалось, что в оперерон входит только один ген Sfri_0536, что полностью совпадает с моими догадками на одном из прошлых практикумов ( перейти на страницу с описанием ). На Рис.2 представлена информация о нужном гене.
Вернуться к 2 семестру