В предыдущем практикуме был выбран ряд бактерий класса Bacilli и для них было построено филогенетическое дерево, основанное на различиях в последовательностях их шаперонинов.
Дерево (Рис.1) было получено при помощи алгоритма Neighbor-joining и построено в программе Jalview.
Рис. 1. Филогенетическое дерево на основе сравнения последовательностей белковых шаперонинов выбранных бактерий. Получено с помощью программы JalView.
Далее я укоренила дерево в средней точке. Для этой цели я воспользовалась программой retree пакета PHYLIP (нужная команда "Midpoint root the tree"). Полученный файл открыла программой MEGA. Результат приведен на Рис.2.
Рис. 2. Укорененное в середине филогенетической дерево бактерий.
Оказалось, что деревья идентичны друг другу. Укоренение произошло в тривиальную вевть, отделяющую бактерию вида Lactobacillus delbrueckii от других видов. В обоих деревьях присутствует нетривиальная ветвь {GEOKA,BACSU} vs {LACDA,ENTFA,BACAN,LISMO,STAES}. Заметим, что настоящее дерево видов отличается от них, так как содержит нетривиальную ветвь {BACAN,BACSU} vs {LACDA,ENTFA,GEOKA,LISMO,STAES}. Не думаю, что данное укоренение можно считать правильным, так как достоверно известно, что бактерии Lactobacillus delbrueckii и Enterococcus faecalis отделились в отдельный порядок Lactobacillales. Остальные же принадлежат другому семейству Bacillales. Дерево же противоречит этому.
Вернуться к 4 семестру