Этиленгликоль в структуре белка сульфуртрансферазы (идентификатор PDB 1E0C)| Учебный сайт Екатерины Швецовой

Этиленгликоль в структуре белка сульфуртрансферазы (идентификатор PDB 1E0C)

В белке сульфуртрансферазы имеются следующие лиганды: этиленгликоль, сульфат-ионы и ионы магния. Я выбрала этиленгликоль, т. к. он находится дальше он периферии (чем, к примеру, сульфат-ионы) и у него более сложная формула.

Русское название лиганда: 1,2-этандиол или этиленгликоль.
Английское название лиганда: 1,2-ethanediol (ethylene glycol).
Название лиганда в файле PDB: [EDO]374
Я не смогла найти информацию о том, чем является выбранный лиганд в моём белке, но, могу предположить, что он просто связывает цепи белка (является своеобразным соединяющим мостиком), тем самым поддерживая его третичную структуру.
На рис. 2 следующей страницы можно увидеть две молекулы этиленгликоля. Они показаны в проволочной модели, окраска по типу атомов

Рис. 1. Этиленгликоль в структуре белка сульфуртрансферазы

На рис. 1 детально показана область контакта лиганда с другими структурами белка.
Видно, что оба атома кислорода этиленгликоля образуют по две водородные связи: одна связь с молекулой воды, другая - с кислородом СО-конца остатка соответствующей аминокислоты (один кислород этиленгликоля связывается с пролином 188, другой - с аланином 160. По разнице в номерах связываемых аминокислотных остатков видно, что они находятся в разных частях цепи белка (наверное, поэтому их связывание имеет смысл).

Лиганд связан не с радикалами аминокислотных остатков, а с их СО-концами, поэтому, любая точечная мутация сохранит способность белка связывать этиленгликоль. Например, можно заменить аланин на лейцин. Водородные связи с лигандом при этом не изменятся

Скрипт, с помощью которого может быть получено данное изображение, можно посмотреть здесь.