Cеми-эмпирические вычисления: Mopac

Различные способы оптимизации структуры порфирина
Итак....Порфирин

С помощью аннотации в виде SMILES и obgen построим струтура порфирина.Посмотрим что получилось в PyMol.

Здесь мы видим два лишних водорода в структуре порфирина.Уберем их.

Проведем параметризацию в Mopac (c параметрризацией PM1)

А потом с параметризацией AM1.

Итак. Итоги.
После obgen молекула порфирина не полская, т.е атомы лежат не в одной плоскости.
Однако, после mopac c обеими параметризациями мы получаем плоскую структуру.

Рассчитать возбужденные состояния порфирина и на основе этих данных прикинуть спектр поглощения молекулы.
Был получен файл,где можно найти значения для элетронных переходов.
Файл .txt только со значениями для электронных переходов.
Для рассчета длины волны энергию поделим на постоянную Планка, а затем умножим на скорость света. Получим длину волны.
Файл .xls c рассчетами длины волны.
Файл .txt c результатами.
Среднее значение длины волны равна 441 нм (в районе синего).

Для молекулы O=C1C=CC(=O)C=C1 определить геометрию. Определить геометрию дианиона этой молекулы.
Построим полекулу парабензохинона.
Молекула после obgen и MOPAC.(налажение)

Голубая структура-obgen.
Зеленая структура-obgen.
Определим геометрию дианиона этой молекулы. Для начала в первую строчку mop файла добавим слово CHARGE=-2.
Потом явным способом укажем,что на кислородах должен находиться отрицательный заряд
Получим новую картинку. Налажение с учетом заряда(голубой) и без(зеленый).

В итоге мы видим, что в дианионе связь С-О длиннее и что структура цикла немного не совпадают.

Увидеть переход из димера в тимины при возбуждении системы.
Итак димер.

1)Проведем оптимизацию геометрии этого димера, при заряде системы 0.Файл

1)Проведем оптимизацию геометрии пункта 1, при заряде системы -2.Файл

1)Проведем оптимизацию геометрии пункта 2, при заряде системы 0.Файл

И теперь все вместе.=)

Энергии состояний:
I состояние: TOTAL ENERGY = -3273.58217 EV
II состояние: TOTAL ENERGY = -3253.90755 EV
III состояние: TOTAL ENERGY = -3273.69464 EV
Переход в начальное состояние не произошел из-за того, что переход в начальное состоянее менее энергетически выгоден.
обратно