| Онтология GO (название словаря) | Количество разных ассоциированных терминов GO | Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO |
|
|---|---|---|---|
| Где? | Клеточный компонент. | 2 термина | Пространство, ограниченное внешней мембраной периплазма - регион между внутреннй (цитоплазматической) и внешней (грам-отрицательная бактерия) или внутренней (грибы) мембраной и клеточной стенкой. |
| Зачем, для чего? | Молекулярные функции: | 3 функции (и большое число надфункций, см. * под таблицей) | 1.Д-Аланин-Д-аланин карбоксипептидазная активность серинового типа - катализирует реакцию (Ac)2-L-Lys-D-alanyl-D-alanine + H20 = (Ac2)-L-Lys-D-alanine + D-alanine 2.Связывание пеницилинна - селективное нековалентное взаимодействие с пеницилином, любым антибиотиком, содержащим конденсированную бета-лактамтиазолидную кольцевую систему 3.Эндопептидазная активность - катализирует гидролиз внутренних альфа-пептидных связей в полипептидной цепи |
| Молекулярный механизм? | Биологические процессы | 3 описанных процесса* | 1.Процесс биосинтеза пептидогликана - химические процессы, в результате которых образуются пептидогликаны (любые из класа гликоконьюгатов, найденных в бактериальных клеточных стенках) 2.Реагирование на лекарства и антибиотики 3.Лизис белком - гидролиз белков в более маленькие полипептиды и/или аминокислоты с помощью разрезания пептидных связей. |
| Специфичность? | В моем примере нет (не считая селективности последних двух функций) |
*Существует множество неуказанных надфункций, которые находятся в данной анотации, но не указаны здесь.
Описание 3 терминов
Serine-type D-Ala-D-ala carboxypeptidase activity (Д-аланин-Д-аланин карбоксипептидазная активность серинового типа) - катализирует реакцию (Ac)2-L-Lys-D-alanyl-D-alanine + H20 = (Ac2)-L-Lys-D-alanine + D-alanine. На графе преимущество прямые наследственные связи, но в то же самое время есть ответвление, указывающее, что это - часть метаболического процесса.
Пространство, ограниченное внешней мембраной периплазма - регион между внутреннй (цитоплазматической) и внешней (грам-отрицательная бактерия) или внутренней (грибы) мембраной и клеточной стенкой. Граф показывает гораздо большее количество синих стрелок (в том числе очевидное замечание - "часть клетки - это часть клетки").
1.Процесс биосинтеза пептидогликана - химические процессы, в результате которых образуются пептидогликаны (любые из класа гликоконьюгатов, найденных в бактериальных клеточных стенках). Крайне красочный и обильный граф, прекрасно демонстрирующий, как много влияет на этот процесс и насколько он важен.
| GO ID выбранного термина | Список синонимов | Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи | Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
|---|---|---|---|
| GO:0009002 | Точные: D-alanyl-D-alanine-carboxypeptidase activity; DD-peptidase activity; Относительно близкий: D-alanine carboxypeptidase; Неназванные: Здесь | СБлижайший родственик: карбоксипепсидазная активность серинового типа. | Конечный термин: дочерних терминов нет. |
| GO:0030288 | Два точных синонима: outer membrane-enclosed periplasmic space; outer membrane bounded periplasmic space | Ближайшие "родители" - Клеточная оболочка; Часть структуры внешней капсулы | Дочерние термины: Внешнее пространство по отношению к внешней стороне плазматической мембраны в периплазме; Внутреннее пространство по отношение к внешней стороны плазматической мембраны в периплазме |
| GO:0009252 | Точные синонимы: peptidoglycan synthesis; murein biosynthesis; peptidoglycan anabolism, peptidoglycan biosynthesis; peptidoglycan formation; murein biosynthesis | Ближайшие родители: процесс метаболизма пептидогликана; процесс биосинтеза глукосаминогликана; процесс биосинтеза макромолекул клеточной стенки. | Дочерний термин: Перекресная связь белок-пептидогликан - процесс образования ковалентной связи муреина и белка |
Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt
Таксон - Пшеница (eng. Wheat; lat Triticum aestivum ). Taxonomy ID: 4565 (на самом деле род Triticum имеет таксон имеет ID 4564, но на этот запрос выдает 1 (один) белок) Ранг: вид
| Количество в UniProt | Количество в UniRef100 | Количество в Swiss-prot | |
|---|---|---|---|
| Существование белка доказано экспериментально | 162 | 308 (возможно, когда мы используем проверку, снимается использование маски) | 112 |
| Известны только соответствующие транскрипты | 2237 | 2220 | 119 |
| Гипотетический белок, предсказан по гомологии | 393 | 565 | 104 |
| Иные предсказанные гипотетические белки | 1495 | 1440 | 3 |
Вывод: опция Link игнорирует снятие маски, что ведет к неясным результатам (см выше). По Swiss-prot проверять нельзя, поскольку количество белков отличается в разы
Использование GO для работы с массовыми данными
Выбранная бактерия: Bartonella quintana. число белков в протеоме: 1142, из которых SRS находит 918 (различие в 200 белков может и существенно для такого протеома (1/6, как никак), но почти во всех остальных выбранных мною бактериях разница в белках доходит до нескольких тысяч).
Гистограмма терминов
Самые частовстречающиеся термины: для местоположения: цитоплазма, плазматическая мембрана (cytoplasm; plasma membrane);
Для функции: Связывание (РНК, ДНК АТФ, ГТФ) - binding; Активность (Активность ДНК-направленной ДНК полимеразы);
Для процесса: Окислительно-восстановительный процесс; ДНК-зависимая регуляция транскрипции
Ничего особо удивительного в этих результатах нет: наиболее частовстречающие термины логичны, поскольку это родительские термины, описывающие ситуацию в общем.
Выборка последовательности белков с функцией "биосинтез аминокислот"
Функция: Биосинтез аминокислот (eng: amino acid biosynthesis (пробел важен); go: amino acid biosynthetic process). GO:0008652; Словарь: Biological process. Запрос SRS: ([uniprot-NCBI_TaxId:4565] > ([uniprot-DbName:GO] & [uniprot-DBxref:GO:0008652])) Найдено белков: 0.
Вывод: белки, отвечающие за биосинтез аминокислот, не аннотированы.