Нахождение гидрофобных кластеров

Задание 1

Для структуры с идентификатором 4r5f был запущен сервис CluD. Я тестировала разные пороги, и в итоге остановилась на 4.0: так не нашлось больших кластеров, включающих почти все аминокислоты в белке, а нашлось много небольших. Я визуализировала те из них, которые были больше десяти атомов (рис.1) Возможно, визуально они соответствуют трём частям белка, которые отделены друг от друга. Но БД CATH считает весь белок одним доменом. Гидрофобные кластеры находятся внутри белка, как и положено.

Задание 2