Филогенетические деревья: построение
по гомологам и нуклеотидным последовательностям.

 Выбранные бактерии
    

Название
Мнемоника
Rhizobium etli
RHIEC
Ralstonia pickettii
RALPJ
Neisseria meningitidis
NEIMA
Pseudomonas aeruginosa
PSEAE
Salmonella typhimurium
SALTY
Yersinia pestis 
YERPE
Vibrio cholerae
VIBCH
Pasteurella multocida
PASMU


Дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям 16S рибосомной РНК каждой из данных бактерий

- программа fdnapars выдала два дерева

1.

            +--Yersinia  
         +--6  
         |  +---Vibrio    
     +---4  
     |   |  +-Salmonella
  +--3   +--5  
  |  |      +------Pasteurell
  |  |  
  |  +----Pseudomona
  |  
  |  +---Neisseria 
  1--2  
  |  +----Ralstonia 
  |  
  +-------Rhizobium 

2.(аналогичное получено с помощью fdnaml)

            +-Salmonella
         +--5  
         |  |  +--Yersinia  
     +---4  +--6  
     |   |     +----Vibrio    
  +--3   |  
  |  |   +-----Pasteurell
  |  |  
  |  +----Pseudomona
  |  
  |  +---Neisseria 
  1--2  
  |  +----Ralstonia 
  |  
  +-------Rhizobium 

На обоих деревьях Y.pestis и S.typhimirium разнесены в разные клады, чего не было ни на одном дереве, генерированном
на основе белковых последовательностей. Построение деревьев с помощью выравниваний нуклеотидных последовательностей 
затрудняется тем, что из-за малого количества символов в нуклеотидном коде по сравнению с аминокислотным (4 против 20), 
возникает большая неопределённость при выравнивании, возможно больше неочевидных ошибок.

-fdnadist --> fneighbor

    +----Ralstonia 
  +-1 
  ! +----Neisseria 
  ! 
  ! +---Pseudomona
  2-3 
  ! ! +----Pasteurell
  ! +-5 
  !   ! +--Vibrio    
  !   +-6 
  !     ! +Salmonella
  !     +-4 
  !       +Yersinia  
  ! 
  +------Rhizobium 

Дерево аналогично тому, что было получено на основе белковых последовательностей программой fprotdist
   
Воспользовавшись программами formatdb и blastp, я выбрала несколько гомологов белка FTSH_ECOLI из
заданного файла. Затем из банка Uniprot я извлекла их а.о. последовательности и построила деревья для этих белков,
чтобы найти паралоги и ортологи.

Программой fprotpars было сгенерировано следующее дерево

     +--------------------------------------------------B2U6W7_RAL
     !  
     !                                               +--B2UGP9_RAL \
     !                                +-------------18             |
     !                                !              +--A1IR46_NEI |
     !                                !                            |
     !                                !              +--Q0WBE7_YER |
     !                             +-17           +-16             |
     !                             !  !        +-15  +--FTSH_SALTY |
     !                             !  !        !  !                |  A
  +--7                             !  !     +-14  +-----Q9KU86_VIB |
  !  !                          +-12  !     !  !                   |
  !  !                          !  !  +----13  +--------Q9CNJ2_PAS |
  !  !                          !  !        !                      |
  !  !  +----------------------11  !        +-----------Q9HV48_PSE |
  !  !  !                       !  !                               |
  !  !  !                       !  +--------------------Q2K4M2_RHI |
  !  !  !                       !                                  |
  !  !  !                       +-----------------------B2UIS9_RAL /
  !  !  !  
  !  +-10                                            +--Q8KKT3_RHI \
  !     !                          +-----------------9             |
  !     !                          !                 +--Q9I5R4_PSE |
  1     !                          !  				    |
  !     !                          !                 +--HSLU_SALTY |
  !     !                          !              +--6  	    |
  !     +--------------------------8           +--5  +--HSLU_YERPE |
  !                                !           !  !  		    |
  !                                !        +--4  +-----HSLU_PASMU |  B
  !                                !        !  !   		    |
  !                                !     +--3  +--------HSLU_VIBCH |
  !                                !     !  !  			    |
  !                                +-----2  +-----------HSLU_PSEAE |
  !                                      !  			    |
  !                                      +--------------HSLU_RALPJ |
  !                         					    |
  +-----------------------------------------------------Q2K9U5_RHI /

Заметно наличие двух крупных клад (ветви, выходящие из узла 10). Картина в пределах каждой клады напоминает ту,
которую мы получали прежде, в частности, расположение на дереве белков-ортологов группы A, соответствует правильному
древу для выбранных мной бактерий. Паралогами этих белков можно считать белки узла B: например, FTSH_SALTY и HSLU_SALTY,
Q9CNJ2_PAS и HSLU_PASMU являются паралогами.