Торсионные углы и карта Рамачандрана

Таблица. Измерение торсионных углов остатка THR10 в белке SPSE_BACSU, цепь А

PDB-файл белка (PDB_ID 1VLI)

Название двугранного угла

Угол определяется по координатам атомов (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках – название атома)

Данный угол описывает поворот вокруг связи

Результат измерения с помощью RasMol

φ

  1. LYS9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
  2. THR10:A.N (атом азота 10-го остатка цепи A)
  3. THR10:A.CA (атом Calpha 10-го остатка цепи A)
  4. THR10:A.C (атом углерода 10-го остатка цепи A)

Ni - Calphai

-81.52

ψ

  1. THR10:A.N (атом азота 10-го остатка цепи А)
  2. THR10:A.CA (атом Calpha 10-го остатка цепи A)
  3. ALA10:A.С (карбонильный атом углерода 10-го остатка цепи A)
  4. VAL11:A.N (атом азота 11-го остатка цепи A)

Calphai - Сi

145.37

ω

  1. THR10:A.CA (атом Calpha 10-го остатка цепи A)
  2. THR10:A.C (атом углерода 10-го остатка цепи A)
  3. VAL11:A.N (атом азота 11-го остатка цепи А)
  4. VAL11:A.CA (атом Calpha 11-го остатка цепи A)

Сi - Ni+1

-179.17

Изображение, иллюстрирующее определение угла φ

Эту картинку можно получить с помощью скрипта

Карта Рамачандрана для всех остатков, глицина и пролина.

На диаграмме видно, что значения углов φ и ψ для всех остатков находятся в основном в промежутках φ:(150; -50), ψ:(100; 150) и φ:(-100; -50), ψ:(-50; 0). Значения углов сконценрированы в областях φ:(50; 100), ψ:(130; 170) и φ:(40; 70), ψ:(-50; 0) у пролина; φ:(70; 120), ψ:(0 25) у глицина

Карта Рамачандрана для всех остатков, остатков альфа-спиралей и бета-листов

На диаграмме видно, что значения углов φ и ψ для альфа-спиралей сконцентрированы в промежутке φ:(-120; -40), ψ:(-50; -25). Значения углов для бета-листов расположены в области φ:(-150; -100), ψ:(100; 150).


Файл с данными и диаграммами в файле Excel