Таксономия
Таблица 1, систематическое положение нескольких бактерий;| # | AGRFC | AROAE | BURCA | ECOLI | NEIMA | PSEAE | RHIME | SACD2 |
| - | cellular organisms | cellular organisms | cellular organisms | cellular organisms | cellular organisms | cellular organisms | cellular organisms | cellular organisms |
| super kingdom | Bacteria | Bacteria | Bacteria | Bacteria | Bacteria | Bacteria | Bacteria | Bacteria |
| phylum | Proteobacteria | Proteobacteria | Proteobacteria | Proteobacteria | Proteobacteria | Proteobacteria | Proteobacteria | Proteobacteria |
| class | Alpha proteobacteria | Beta proteobacteria | Beta proteobacteria | Gamma proteobacteria | Beta proteobacteria | Gamma proteobacteria | Alpha proteobacteria | Gamma proteobacteria |
| order | Rhizobiales | Rhodocyclales | Burkholderiales | Entero- bacterales | Neisseriales | Pseudo- monadales | Rhizobiales | Cellvibrio- nales |
| family | Rhizobiaceae | Rhodo- cyclaceae | Burkhol- deriaceae | Entero- bacteriaceae | Neisseriaceae | Pseudo- monadaceae | Rhizobiaceae | Cellvibrio- naceae |
| genus | Agrobacterium | Aromatoleum | Burkholderia | Escherichia | Neisseria | Pseudomonas | Sinorhizobium | Saccharo- phagus |
| species | Agrobacterium fabrum | Aromatoleum aromaticum | Burkholderia cenocepacia | Escherichia coli | Neisseria meningitidis | Pseudomonas aeruginosa | (Sino)Rhizo- bium meliloti | Saccharo- phagus degradans |
• Нетривиальные ветви:
а) {SACD2, PSEAE} против {ECOLI, NEIMA, AROAE, BURCA, AGRFC, RHIME}
б) {SACD2, PSEAE, ECOLI} против {NEIMA, AROAE, BURCA, AGRFC, RHIME} - выделяет класс γ-протеобактерии
в) {AROAE, BURCA} против {SACD2, PSEAE, ECOLI, NEIMA, AGRFC, RHIME}
г) {AROAE, BURCA, NEIMA} против {AGRFC, RHIME, SACD2, PSEAE, ECOLI} - выделяет класс β-протеобактерии
д) {SACD2, PSEAE, ECOLI, NEIMA, AROAE, BURCA} против {AGRFC, RHIME} - выделяет семейство Ризобиевые
Реконструкция филогении
• Реконструкция проводилась по белкам семейства энолаз (мнемоника: ENO). С помощью программы muscle было построено множественное выравнивание.
Таблица 2| Алгоритм (англ.) | Расшифровка | Файл |
| UPGMA | Unweighted pair group method with arithmetic mean | UPGMA.nwk |
| NJ | Neighbor-Joining | NJ.nwk |
| ML | Maximum Likelihood | ML.nwk |
| ME | Minimum Evolution | ME.nwk |
| MP | Maximum Parsimony | MP.nwk |
©Машковская Анна, 2019