• Для построения дерева были взяты следующие предположительно гомологичные белки:
Таблица 1| Мнемоника | Полное название |
| CLPX_ECOLI | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX |
| CLPX_AGRFC | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX |
| HSLU_AGRFC | ATP-dependent protease ATPase subunit HslU |
| CLPX_AROAE | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX |
| HSLU_AROAE | ATP-dependent protease ATPase subunit HslU |
| Q5P202_AROAE | Probable ATP-dependent protease |
| HSLU_ECOLI | ATP-dependent protease ATPase subunit HslU |
| FTSH_ECOLI | ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH |
| CLPX_NEIMA | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX |
| CLPX_PSEAE | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX |
| HSLU_PSEAE | ATP-dependent protease ATPase subunit HslU |
| CLPX_RHIME | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX |
| HSLU_RHIME | ATP-dependent protease ATPase subunit HslU |
| CLPX_SACD2 | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX |
| HSLU_SACD2 | ATP-dependent protease ATPase subunit HslU |
| Q21K32_SACD2 | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA |
• Было построено множественное выравнивание белков программой Muscle, далее было создано филогенетическое дерево методом наибольшего правдоподобия (Mega7).
• Примеры ортологов (произошло разделение путей эволюции белков в результате видообразования):
1. Белки с мнемоникой CLPX_*
2. Белки с мнемоникой HSLU_*
• Примеры паралогов (произошла дупликация гена):
1. Белки CLPX_ECOLI, HSLU_ECOLI, FTSH_ECOLI
2. Белки CLPX_AROAE, HSLU_AROAE, Q5P202_AROAE