Контрольная работа №2

Нужно было найти путь от пентозофосфатного пути до фенилаланина. Самый короткий путь, который я нашел, был от эритрозо-4-фосфата. Ниже приведена картинка, на которой выделены желтым ферменты, которые участвуют в этом пути.

Список генов E.coli приведен в этом файле, во втором столбце направление гена,
в третьем начало оперона, в четвертом начало первого гена в опероне.
У некоторых оперонов было 2 начала, в одному случае я записал их отдельно(т.к. слишком далеко друго от друга располагаись)
Я скачал геном E.coli из базы данных геномов ncbi, и использую тот файл с генами и свой скрипт на питоне, вытащил нужные последовательности.
В задании велелось посмотреть -200:0 апстрим, но т.к. сайты регуляции могут находиться и до начала оперона и после, я решил попробовать взять разные последовательности, например -200:0 от начала первого гена и 150:100 от начала оперона
На МЕМЕ все находки разные:

Так как большинство из тех, кого я спросил, брали -200:0 апстрим от начала первого гена в опероне, я тоже решил рассмотреть подробнее этот вариант. К тому же на Гиббс-Сэмплере находки были только в двух случаях: при recursive sampler и апстриме гена и при motif sampler и -200:0 апстриме оперона
Мотив из Гиббс-Сэмплера частично совпал с мотивом №2 из MEME, но MEME нашел этот мотив только в 2 последовательностях, а гиббс почти во всех
MEME:

Gibbs-Sampler:

Далее я взял 2 бактерий: Pseudomonas aeruginosa и Vibrio cholerae
Скачал их геномы, вытащил апстримы ортологов гена aroL(следовательно и aroK). И опять сделал поиск мотивов.
В гиббс-сэмплере ничего не нашел в апстриме первого гена оперона, в МЕМЕ нашел новый мотив.