Формы ДНК. Структура РНК.
Задание 1.
Последовательность: "GATC"x5.
A-форма ДНК | B-форма ДНК | Z-форма ДНК
Задание 2.
Я решила рассмотреть В-форму ДНК, из оснований мне достался цитозин.
В сторону большой бороздки обращены атомы c3.c4, c3.n4, c3.c5, c3.c6;
в сторону малой бороздки обращены атомы c3.n1, c3.c2, c3.o2.
c3.n3 находится примерно посередине. При определении ориентировалась на водородную связь третьего азота (продолжила прямую до пересечения с противоположной стороной цикла). PDB ID структуры - 1bna.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,50 |
| Число оснований на виток | 12 | 11 | 13 |
| Ширина большой бороздки | 16,97 (G13:A) | 17,21 (A10:A) | 14,73 (C32:B) |
| Ширина малой бороздки | 7,98 (G29:B) | 11,69 (G29:B) | 7,20 (G11:A) |
Задание 3.
PDB ID исследуемой тРНК - 2DXI.
Упр. 1.
Ссылка на Excel-таблицу с торсионными углами каждого нуклеотида.
Структура молекулы наиболее близка к А-форме ДНК. (Об этом говорят значения торсионных углов, конформация дезоксирибозы, да и файл, выданный программой analyze пакета 3DNA.)
Упр. 2.
Strand I Strand II Helix
1 (0.010) ....>C:.501_:[..G]G-----C[..C]:.572_:C<.... (0.006) | -
2 (0.014) ....>C:.502_:[..G]G-*---U[..U]:.571_:C<.... (0.008) |
3 (0.008) ....>C:.503_:[..C]C-----G[..G]:.570_:C<.... (0.010) |
4 (0.004) ....>C:.504_:[..C]C-----G[..G]:.569_:C<.... (0.008) | } Стебель 1 (цепь С).
5 (0.010) ....>C:.505_:[..C]C-----G[..G]:.568_:C<.... (0.010) |
6 (0.006) ....>C:.506_:[..C]C-----G[..G]:.567_:C<.... (0.007) |
7 (0.008) ....>C:.507_:[..A]A-----U[..U]:.566_:C<.... (0.006) | -
8 (0.007) ....>C:.549_:[..G]G-----C[..C]:.565_:C<.... (0.004) | --
9 (0.004) ....>C:.550_:[..G]G-----C[..C]:.564_:C<.... (0.007) |
10 (0.006) ....>C:.551_:[..G]G-----C[..C]:.563_:C<.... (0.003) | } Стебель 2.
11 (0.004) ....>C:.552_:[..G]G-----C[..C]:.562_:C<.... (0.005) |
12 (0.004) ....>C:.553_:[..G]G-----C[..C]:.561_:C<.... (0.004) | --
13 (0.005) ....>C:.554_:[..U]U-**--A[..A]:.558_:C<.... (0.003) |
14 (0.007) ....>C:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:C<.... (0.008) x
15 (0.007) ....>C:.538_:[..A]A-**--C[..C]:.532_:C<.... (0.004) | ---
16 (0.005) ....>C:.539_:[..G]G-----C[..C]:.531_:C<.... (0.004) |
17 (0.010) ....>C:.540_:[..G]G-----C[..C]:.530_:C<.... (0.007) |
18 (0.005) ....>C:.541_:[..C]C-----G[..G]:.529_:C<.... (0.004) | } Стебель 3.
19 (0.003) ....>C:.542_:[..C]C-----G[..G]:.528_:C<.... (0.007) |
20 (0.009) ....>C:.543_:[..G]G-----C[..C]:.527_:C<.... (0.006) |
21 (0.006) ....>C:.544_:[..A]A-**--G[..G]:.526_:C<.... (0.008) | ---
22 (0.009) ....>C:.510_:[..G]G-----C[..C]:.525_:C<.... (0.007) | ----
23 (0.007) ....>C:.511_:[..U]U-----A[..A]:.524_:C<.... (0.009) | } Стебель 4.
24 (0.008) ....>C:.512_:[..C]C-----G[..G]:.523_:C<.... (0.013) |
25 (0.004) ....>C:.513_:[..U]U-*---G[..G]:.522_:C<.... (0.009) | ----
26 (0.007) ....>C:.514_:[..A]A-**--U[..U]:.508_:C<.... (0.007) |
27 (0.021) ....>C:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:C<.... (0.011) x
28 (0.006) ....>C:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:C<.... (0.002) +
29 (0.014) ....>D:.501_:[..G]G-----C[..C]:.572_:D<.... (0.011) | -
30 (0.011) ....>D:.502_:[..G]G-*---U[..U]:.571_:D<.... (0.010) |
31 (0.010) ....>D:.503_:[..C]C-----G[..G]:.570_:D<.... (0.007) |
32 (0.010) ....>D:.504_:[..C]C-----G[..G]:.569_:D<.... (0.003) | } Стебель 1 (цепь D).
33 (0.015) ....>D:.505_:[..C]C-----G[..G]:.568_:D<.... (0.011) |
34 (0.009) ....>D:.506_:[..C]C-----G[..G]:.567_:D<.... (0.007) |
35 (0.003) ....>D:.507_:[..A]A-----U[..U]:.566_:D<.... (0.010) | -
36 (0.008) ....>D:.549_:[..G]G-----C[..C]:.565_:D<.... (0.002) | --
37 (0.003) ....>D:.550_:[..G]G-----C[..C]:.564_:D<.... (0.002) |
38 (0.005) ....>D:.551_:[..G]G-----C[..C]:.563_:D<.... (0.002) | } Стебель 2.
39 (0.003) ....>D:.552_:[..G]G-----C[..C]:.562_:D<.... (0.005) |
40 (0.005) ....>D:.553_:[..G]G-----C[..C]:.561_:D<.... (0.004) | --
41 (0.003) ....>D:.554_:[..U]U-**--A[..A]:.558_:D<.... (0.003) |
42 (0.005) ....>D:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:D<.... (0.004) x
43 (0.013) ....>D:.538_:[..A]A-**--C[..C]:.532_:D<.... (0.009) | ---
44 (0.011) ....>D:.539_:[..G]G-----C[..C]:.531_:D<.... (0.008) |
45 (0.007) ....>D:.540_:[..G]G-----C[..C]:.530_:D<.... (0.005) |
46 (0.004) ....>D:.541_:[..C]C-----G[..G]:.529_:D<.... (0.004) | } Стебель 3.
47 (0.006) ....>D:.542_:[..C]C-----G[..G]:.528_:D<.... (0.009) |
48 (0.010) ....>D:.543_:[..G]G-----C[..C]:.527_:D<.... (0.003) |
49 (0.010) ....>D:.544_:[..A]A-**--G[..G]:.526_:D<.... (0.012) | ---
50 (0.007) ....>D:.510_:[..G]G-----C[..C]:.525_:D<.... (0.005) | ----
51 (0.004) ....>D:.511_:[..U]U-----A[..A]:.524_:D<.... (0.011) | } Стебель 4.
52 (0.005) ....>D:.512_:[..C]C-----G[..G]:.523_:D<.... (0.008) |
53 (0.008) ....>D:.513_:[..U]U-*---G[..G]:.522_:D<.... (0.013) | ----
54 (0.007) ....>D:.514_:[..A]A-**--U[..U]:.508_:D<.... (0.006) |
55 (0.020) ....>D:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:D<.... (0.005) x
56 (0.007) ....>D:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:D<.... (0.003) +
Программа analyze также выявила 16 неканонических пар оснований в данной структуре: 6 U-G; 2 A-G; 2 A-C, а также 6 пар комплементарных оснований, связанных неканонически. Можно посмотреть на них выше.
Дополнительные водородные связи под номерами 13, 14, 26-28, 41, 42, 54-56 стабилизируют третичную структуру тРНК.