Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)

Первым делом я проверила, есть ли инфомация про мой белок (PDB 3Q4D) на сайте EDS. Как видно по ссылке, она имеется, там же есть возможность скачать карту в разных форматах, я использую формат omap для визуализации в PyMol. Проверку на наличие сходных структур мой белок не прошел, поэтому задания по совмещению структур я буду делать на другом белке (на метилтрасферазах, полученных тут).

Статья по расшифровке структуры моего белка (2012) доступна в Pubmed. Полученное разрешение: 3.00 Å. Это невысокое разрешение для расшифровки структуры, но у авторов было много сходных структур, которые они сравнивают в статье, что позволило им все-таки структуру восстановить.

Для визуализации ЭП моего белка использовался PyMol. К сожалению, белок состоит из 9 сильно глобулярных цепи, что мешает изучению трехмерной структуры из-за визуального наложения слоев. Тем не менее ЭП довольно хорошо совпадает с изгибами остова белка (рис 1).

Рис 2. Электронная плотность цепи А белка в районе остатков 140-160 (только остов), срез для σ=1.5.

В качестве отдельного участка я выбрала 4 аминокислоты: Lys-Glu-Pro-Phe. На двух разных слезах видно, что такие мощные структуры, как кольца, читаются хорошо, в отличие от всего остального, по чему восстановить до атома структуру только по этой ЭП нельзя. Однако характерный изгиб цепи Пролина и кольцо Фенилаланина могут быть отправными точками для уточнения структуры (рис 2).

Рис 2. Электронная плотность в районе 4-х выбранных остатков. Слева срез σ=1, а справа σ=3.