| Блок
1. Общие
принципы сравнения последовательностей. |
| |
1. (8 фев) (2 час) |
| |
|
Банки данных белковых последовательностей или первая прогулка
в Интернете по «золотым» адресам (ПСН)
Студенты знакомятся с базами данных - Swiss-Prot,
TrEMBL, UniProt, а также делают первую попытку что-нибудь в них
найти.
[задания]
[ключевые слова]
[материалы]
[презентация]
|
| |
2. (16 фев) (2 час) |
| |
|
Искусство поиска или SRS (ПСН)
Преподаватели рассказывают о том, как правильно
построить запрос в системе SRS, студенты учатся работать с логическими
операциями и создают первую пробную выборку а.к. последовательностей.
[задания] [ключевые
слова]
|
| |
3. (22 фев) (2 час) |
| |
|
Эволюция белков. Что такое выравнивание и "цена гэпа"? (ПСН)
Преподаватели рассказывают о путях эволюции а.к.
последовательностей, студенты узнают, что такое выравнивание, и
пытаются вручную выравнять заданные последовательности.
[задания]
[ключевые слова]
[материалы]
|
| |
4. (2 мар) (2 час) |
| |
|
Эволюция белков. Матрицы замен аминокислотных остатков
(ПСН)
Преподаватели рассказывают, что такое Blocks, Blosum
и PAM, а студенты пытаются создать свои матрицы замен. ...
[задания]
[ключевые слова]
[форма отчета
за первый блок] [консультации]
|
| |
|
| Блок
2. Выравнивание |
| |
5. (11 марта) (2
час) |
| |
|
Первое знакомство с командной строкой операционной системы UNIX
(САС)
[задания]
|
| |
6. (18 марта) (2
час) |
| |
|
Парные выравнивания (ПСН)
Преподаватели объясняют, что такое карта локального сходства двух
последовательностей и рассказывают об алгоритме Нидельмана –
Вунша. Студенты строят оптимальное выравнивание двух коротких последовательностей,
применяя этот алгоритм.
[задания]
|
| |
7. (25 марта) (2
час) |
| |
|
Программы построения выравниваний из пакета EMBOSS (ПСН)
Преподаватели рассказывают об алгоритме Смита – Ватермана и
о программах построения выравниваний из пакета EMBOSS. Студенты
строят глобальные и локальные выравнивания.
[задания]
|
| |
8. (1 апреля) (2
час) |
| |
|
BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в
банках данных по гомологии (ПСН)
Преподаватели рассказывают о том, что такое BLAST. Студенты ищут
гомологов с помощью программы BLASTP.
[задания]
[форма отчета
за второй блок]
|
| |
|
| Блок
3. Семейства белков |
| |
9. (15 апреля) (2
час) |
| |
|
Что такое множественное выравнивание? (АБР)
Преподаватели рассказывают про алгоритм работы глобального множественного
выравнивания Clustal. Студенты строят множественные выравнивания,
сравнивают их с "золотым стандартом" из BAliBase и анализируют
расположение консервативных позиций на трехмерной структуре с помощью
Rasmol.
[задания]
|
| |
10. (22 апреля)
(2 час) |
| |
|
Паттерны, профили. База данных PROSITE. (АБР)
Преподаватели объясняют, чем профили отличаются от паттернов. Студенты
строят паттерны для участков множественного выравнивания и проводят
поиск последовательностей по построенному паттерну, а затем определяют
все известные мотивы в последовательности своих белков.
[задания]
[стандартный
формат паттерна]
|
| |
11. (29 апреля)
(2 час) |
| |
|
Pfam и InterPro. (АБР)
Студенты учатся находить нужную информацию в производных БД, описывающих
белковые семейства.
[задания]
[презентация]
|
| |
12. (6 мая) (2 час) |
| |
|
PSI-Blast. (АБР)
Преподаватели рассказывают об инструменте для быстрого поиска "далеких"
гомологов – PSI-BLAST. Студенты на практике сравнивают возможности
2-х программ – BLASTP и PSI-BLAST
[задания]
|
| |
13. (13 мая) (2
час) |
| |
|
Деревья (САС)
[задания]
[презентация]
[форма
отчета за третий блок]
|
|
Правила
получения зачета за второй семестр
Теоретические вопросы к зачёту
|
