Подсказки к занятию 13

  1. Разберитесь, как задать множество атомов, принадлежащих выбранному лиганду (обычно наиболее универсальный метод — использовать номер "остатка", к которому приписан лиганд).

    Выделив множество близких к лиганду атомов белка командой

     select within(5.0, xxx) and protein
    (где вместо xxx надо подставить множество атомов лиганда), выполните команду
     save h:\term1\practices\pr_13\nei.pdb
    затем откройте файл NEI.PDB редактором и выпишите номера остатков.

    Для создания выразительного изображения контакта остатка с лигандом удобно воспользоваться командой restrict.

  2. Второе задание не должно вызвать затруднений.

  3. Чтобы "определить" множество (то есть дать ему название), надо выполнить команду define:
     define name set
    
    где вместо name надо подставить какое-нибудь слово, не входящее в список предопределённых множеств, а вместо set — какое-нибудь выражение, задающее множество. Например, команда
     define myset 17-41:A
    
    присваивает множеству всех атомов остатков с 17 по 41 цепи A имя "myset". Если после выполнения такой команды выполнить команду:
     select myset
    
    то выделенным станет это множество, а, например, последовательность команд:
     restrict myset and oxygen
     cpk 300
     color green
    
    оставит в графическом окне только атомы кислорода из данных остатков в виде больших зелёных шариков. Кстати, нужные Вам химические элементы именуются oxygen, nitrogen, carbon, sulphur; атомы основной цепи — backbone.

    Если команды define записаны в скрипт, то правильно вставить в тот же скрипт также и описания определяемых множеств после команды echo, чтобы, запустив скрипт, можно было увидеть в командном окне новые названия для множеств.