Выделив множество близких к лиганду атомов белка командой
select within(5.0, xxx) and protein(где вместо xxx надо подставить множество атомов лиганда), выполните команду
save h:\term1\practices\pr_13\nei.pdbзатем откройте файл NEI.PDB редактором и выпишите номера остатков.
Для создания выразительного изображения контакта остатка с лигандом удобно воспользоваться командой restrict.
Второе задание не должно вызвать затруднений.
define name setгде вместо name надо подставить какое-нибудь слово, не входящее в список предопределённых множеств, а вместо set — какое-нибудь выражение, задающее множество. Например, команда
define myset 17-41:Aприсваивает множеству всех атомов остатков с 17 по 41 цепи A имя "myset". Если после выполнения такой команды выполнить команду:
select mysetто выделенным станет это множество, а, например, последовательность команд:
restrict myset and oxygen cpk 300 color greenоставит в графическом окне только атомы кислорода из данных остатков в виде больших зелёных шариков. Кстати, нужные Вам химические элементы именуются oxygen, nitrogen, carbon, sulphur; атомы основной цепи — backbone.
Если команды define записаны в скрипт, то правильно вставить в тот же скрипт также и описания определяемых множеств после команды echo, чтобы, запустив скрипт, можно было увидеть в командном окне новые названия для множеств.