Practice 13

Занятие 13 (RasMol)

Заведите директорию Pr_13; файлы с результатами выполнения заданий должны появиться в ней. Заведите файл протокола, протокол начните с даты и названия занятия. Не забывайте указывать пункты задания и писать минимальные пояснения к сделанному. См. также указания.

Выберите один из лигандов (молекулу органического вещества или ион) из имеющихся в вашей структуре (замечание: по возможности НЕ выбирайте селенометионин). Сохраните в отдельном файле атомы белка, контактирующие с этим лигандом (контактом будем считать расположение двух атомов на расстоянии ближе 5Å). Внесите в протокол идентификаторы остатков, контактирующие с лигандом. Выберите один из контактирующих остатков и сохраните в отдельный графический файл (формата GIF) изображение взаимного расположения остатка и лиганда.
Оставьте в графическом окне изображение одной (любой, если их несколько) цепи белка в остовной модели. Покрасьте её по структуре, для этого выполните (имея в качестве выделенного множества данную цепь) команды:
```
 structure
 color structure
```
Определите и внесите протокол, к какому типу относится белок (альфа-спиральный, бета-структурный либо "альфа+бета"). Подберите ракурс, в котором хорошо видна вторичная структура цепи, и сохраните изображение в формате GIF.
Выберите один из элементов вторичной структуры (альфа-спираль или пару рядом расположенных бета-тяжей; желательно выбирать самый протяжённый элемент). Создайте скрипт sselem.def, в котором под подходящими названиями определяются следующие множества:
- Все атомы, относящиеся к остаткам данного элемента вторичной структуры.
- Все атомы кислорода и азота остатков данного элемента.
- Все атомы углерода и серы из боковых цепей остатков данного элемента.
- Все атомы кислорода и азота из остатков белка ВНЕ данного элемента (в том числе из других полипептидных цепей).
- Все атомы углерода и серы из боковых цепей остатков белка вне данного элемента (в том числе из других полипептидных цепей).
- Все атомы кислорода и азота остатков данного элемента, образующие водородные связи с атомами кислорода или азота остатков вне данного элемента (водородной связью считаем расположение центров двух атомов на расстоянии менее 3,7Å).
- Все атомы остатков данного элемента, участвующие в гидрофобных контактах с остатками вне данного элемента (гидрофобным контактом считаем такое расположение двух неполярных атомов, что расстояние между их центрами меньше 5Å; неполярными считаем все атомы углерода и серы из боковых цепей).
Краткое описание всех определяемых множеств должно появиться в командном окне при исполнении скрипта, например:
```
 The chosen alpha-helix is defined as "myhelix"
 ...
 The set of all nonpolar atoms of myhelix is defined as "npatoms"
 ...
```
(*) Подумайте, как создать такое изображение, которое достаточно наглядно отображало бы структуру водородных связей выбранного Вами элемента вторичной структуры с остальной частью белка (или комплекса). То же для гидрофобных контактов. Попробуйте сохранить подобные изображения (один или несколько вариантов) как в виде GIF-файлов, так и в виде RasMol-скриптов.