Создайте изображение, иллюстрирующее водородные связи между остовными атомами одного из элементов вторичной структуры (например, того, который был выбран при выполнении задания 3 предыдущего практикума). На изображении должны быть подписаны номера остатков, к которым принадлежат некоторые (или все) атомы, участвующие в таких водородных связях. Сформулируйте правило, которому удовлетворяют такие атомы. Изображение должно возможно более наглядно иллюстрировать это правило.
Указание: для выделения атомов, могущих образовывать водородные связи, можно (и нужно) воспользоваться скриптом sselem.def. Чтобы вывести водородные связи остовных атомов в графическое окно в виде штриховых линий, выполните команду "hbonds on":
Создайте точечную диаграмму, иллюстрирующую распределение углов φ и ψ: а) в выбранном элементе вторичной структуры, б) во всей цепи белка, которой принадлежит этот элемент.
Этапы работы:Укажите в протоколе наиболее типичные значения обоих торсионных углов для остатков выбранного элемента вторичной структуры.
1) выделите нужное множество остатков;
2) выполните командуsave phipsi имя файла3) импортируйте полученный файл в Excel;
4) постройте точечную диаграмму углов φ и ψ
5) придайте диаграмме приличный вид (в частности, диапазоны по осям должны быть от –180 до 180, масштаб по осям должен быть одинаковым, оси должны быть подписаны "Phi" и "Psi", диаграмма должна называться "Torsion angles for ..." и т.п.);
6) перенесите диаграмму в графический редактор (например, Paint) и сохраните в файл в формате GIF.