Пакет PHYLIP

• Реализация методов UPGMA и Neighbor-Joining (программа neighbor), наименьших квадратов и Фитча – Марголиаша (fitch и kitsch), максимальной бережливости (dnapars и protpars), наибольшего правдоподобия (dnaml, dnamlk, proml, promlk)

• Оценка эволюционных расстояний: программы dnadist и protdist

• Сравнение деревьев: consense, treedist, treedistpair

• Редактура (включая укоренение в среднюю точку): retree

• Бутстрэп: seqboot

• Визуализация: drawtree, drawgram