Пакет PHYLIP

Свободно распространяется, имеются версии для всех основных операционных систем (доступен для скачивания на сайте http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html )
Имеется удобный веб-интерфейс: http://bioweb.pasteur.fr/phylogeny/intro-en.html
В пакет EMBOSS в качестве дополнения включены варианты всех программ пакета PHYLIP, снабженные интерфейсом в стиле EMBOSS (отличаются буквой f в начале, например fprotpars вместо protpars)

Свободно распространяется, имеются версии для всех основных операционных систем (доступен для скачивания на сайте http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html )