Занятие 6. Пакет EMBOSS. Программы парного выравнивания

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Block2\Practice6.

Обязательные задания

1. Посчитайте вес выравнивания, полученного в упр.1 предыдущего занятия, используя матрицу BLOSUM62, штраф за открытие пробела 12 и штраф за удлинение пробела 2. В отчёт поместите таблицу из трёх строк: 1) первая строка выравнивания; 2) вторая строка выравнивания; 3) веса позиций выравнивания.

   Образец seq1 L H L – – S H V Q seq2 L I L E P S H F Q Вес 4 –3 4 –12 –2 4 8 –1 5 Вес выравнивания: 7

    

2. Создайте программой stretcher оптимальное выравнивание тех же последовательностей (замечание: по умолчанию программа stretcher использует те же параметры: матрица BLOSUM62, штрафы 12 и 2). Совпало ли выравнивание с построенным вами? Сравните веса выравниваний: посчитанный вами и выданный программой.

    

3. Создайте программами needle и water полное и частичное выравнивания последовательностей вашего белка и родственного белка (при параметрах по умолчанию). Укажите в отчёте:
   1. какие участки последовательностей (от–до) вошли в частичное выравнивание;
   2. совпадает ли локальное выравнивание с "ограничением" глобального на эти участки? Если нет, то приведите пример(ы) несовпадений (в одном выравнивании такой-то букве первой последовательности соответствует такая-то второй, а в другом...);
   3. какое из выравниваний имеет больший вес? Может ли вес оптимального глобального выравнивания быть больше веса оптимального локального выравнивания (при тех же параметрах?) Почему?

Если все обязательные задания сделаны, можете приступать к дополнительным заданиям.