Задание №2. Выравнивание набора гомологов своего белка

С помощью программы muscle и GeneDoc я сделала множественное выравнивание своего белка с 5-ю гомологами. У меня нашлись участки с повышенной долей консервативных позиций. Их координаты:

            По столбцу выравнивания:               Мой белок:
1             17 - 76                               17 - 73
2             87 - 106                              81 - 100
3             114 - 144                             103 - 132
4             241 - 281                             153 - 193

Участки выравнивания, которые, скорее всего, не имеют биологического смысла:

            По столбцу выравнивания:               Мой белок:
1              107-113                               101-102
2              144-181                               132-133
3              195-240                               146-152

Группы сходных аминокислот, образующие в моем выравнивании функционально консеравативные позиции: Asp-Asn; Glu-Gln; Ser-Trh; Lys-Arg; Phe-Tyr-Trp; Leu-Ile-Val-Met.
Чаще всего встречается группа Leu-Ile-Val-Met и на втором месте - Phe-Tyr-Trp
После добавления новой группы Asp-Glu появилось немного новых функционально консервативных позиций, например в столбце 218( в моем белке - остаток 149)
Назад