Задание №1. Muscle и GeneDoc
Выравнивание получено с помощью программы Muscle и GeneDoc. Цифры и звездочки сверху блока сравнения показывают номер столбца ( десятки). На темно-коричневом фоне показаны столбцы, со 100% консервативными и функционально консервативными аминокислотными остатками. На рыжем - от 80%, а на серо-зеленом - от 60%. Большие буквы снизу показывают, какая аминокислота представлена в данном столбце, маленькие буквы означают, какая аминокислота представлена в данном столбце, однако есть отхождения от нее.И цифры показывают номер группы сходных аминокислот, образующих функционально консервативные таблицы. Посмотреть, какие это группы можно с помощью GeneDoc: Project>Configure>Score tables.
Задание №2. Выравнивание набора гомологов своего белка
С помощью программы muscle и GeneDoc я сделала множественное выравнивание своего белка с 9-ю гомологами. У меня нашлись участки с повышенной долей консервативных позиций. Их координаты:
По столбцу выравнивания: Мой белок:
1 488-524 154-190
2 333-338 82-87
3 346-352 93-99
4 526-532 191-197
5 546-549 208-211
Картинка.Участок выравнивания
Участки выравнивания, которые, скорее всего, не имеют биологического смысла:
По столбцу выравнивания: Мой белок:
1 1-332 1-81
2 401-487 142-153
3 554-678 216-316
Группы сходных аминокислот, образующие в моем выравнивании функционально консеравативные
позиции: Asp-Asn; Glu-Gln; Ser-Trh; Lys-Arg; Phe-Tyr-Trp; Leu-Ile-Val-Met.
Чаще всего встречается группа Leu-Ile-Val-Met.
После добавления новой группы Asp-Glu новых функционально-консервативных позиций не появилось
Дополнительные задания
Другие программы множественного выравнивания
Cравнение программ mafft и edialign.Изначально программы различаются тем, что mafft выдает только один файл в формате фаста-выравнивания, который потом можно импортировать в GeneDoc, a edialign выдает два файла - один из "текст", который несложно понять, содержит информацию о выравнивании и само выравнивание, а второй - фаста-выравнивание. Естественно, в Genedoc можно импортировать только второй файл.
Еще одно различие этих программ состоит в том, что mafft все буквы делает прописными, а edialign - сохраняет строчные буквы, не образующие функционально-консервативных и консервативных позиций.
Выравнивания, полученные этими программами различаются, например если mafft оставила длинный "хвост" у ZP_07547583.1, то edialign выровнял последовательности с самого начала.
Дополнение!
Так как в SwissProt нe нашлось пяти гомологов моего белка, удовлетворяющих заданию, я искала белки еще и в nr. Но множественное выравнивания с белками, найденными в SwissProt ( были взяты все белки, для которых E_value меньше или равно 0.001), можно посмотреть тут