• Краткое описание структуры ДНК


    • Для исследования были выбраны цепь D белка и цепи E и F, представляющие ДНК со следующей последовательностью 

    >1LQ1:E  5' - TTCGTGTCGAATTTTG - 3'
>1LQ1:F  3' - AGCACAGCTTAAAACA - 5'

    Выполняет центральную регуляторную функцию в процессе споруляции. Может являться проводящим элементом, ответственным за активацию генов споруляции в ответ на пищевое раздражение. SpoOA может действовать совместно с spoOH (сигма-фактором) для выделения генов, необходимых для осуществления процесса споруляции. Является репрессором abrB, активатором оперона spoIIa. Связывает последовательность ДНК 5'-TGNCGAA-3'. Источник - UniProt.

  • Исследование структуры ДНК

    • C помощью программ find_pair и analyze были определены средние значения торсионных углов. По этим значениям данное мне Днк больше походит на В-форму, однако значения углов бета и эпсилон сильно отличаются от полученных для В-формы. Это может быть связано с какими-либо конфармационными изменениями благодаря взаимодействию с белком. Exel-файл

  • Исследование природы ДНК-белковых контактов


    • Скрипт
    Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
          остатками 2'-дезоксирибозы 15 10 25
          остатками фосфорной кислоты 36 16 52
          остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 6 5 11
          остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 4 4 8

  • Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

  • Характеристика ДНК-связывающего домена PF08769

    • В белке есть два домена: один отвечает за регуляцию связывания, а второй, собственно за связывание с ДНК и споруляцию. . На картинке красным показан домен, имеющий ДНК-связывающуюактивность. Он состоит из 6 альфа-спиралей, закручивающихся друг-относительно-друга. (Источник)