Укоренение филогенетических деревьев

• Страница семестра

Укоренение в среднюю точку

С помощью программы retree было укоренено в среднюю точку дерево, построенное по алгоритму neighbor-joining на предыдущем занятии

Дерево, полученное алгоритмом neighbor-joining
Укорененное дерево
Укоренение произошло в ветвь {LACAC, LACDA} vs {CLOTE, STAES, ENTFA, LISMO, BACSU, GEOKA}; Это не соответствует укоренению в "правильном дереве" (см. предыдущее занятие)

Использование внешней группы

Неукорененное дерево, полученное программой fprotpars
Укорененное дерево
Укоренение произошло в тривиальную ветвь {CLOTE} против всего остального. "Правильное" дерево так же укоренено в эту ветвь.

Бутстрэп

                          +---------------STAES
                  +--71.6-|
                  |       |       +-------LISMO
          +--43.2-|       +--45.6-|
          |       |               +-------ENTFA
          |       |
  +-------|       +-----------------------BACSU
  |       |
  |       |                       +-------LACDA
  |       |               +--100.0-|
  |       +----------85.0-|       +-------LACAC
  |                       |
  |                       +---------------CLOTE
  |
  +---------------------------------------GEOKA
Species in order: 

  1. GEOKA
  2. BACSU
  3. LISMO
  4. ENTFA
  5. STAES
  6. CLOTE
  7. LACDA
  8. LACAC


Sets included in the consensus tree  (Ветви, включенные в консенсусное дерево) 

Set (species in order)     How many times out of  100.00

......**                   100.00
.....***                   85.00
..***...                   71.60
..**....                   45.63
.****...                   43.20


Sets NOT included in consensus tree:  (Ветви, невключенные в консенсусное дерево) 

Set (species in order)     How many times out of  100.00

...**...                   27.17
..******                   26.07
.*...***                   14.40
..***.**                   14.00
.****.**                   13.00
...*..**                    9.00
...**.**                    7.00
..*.*...                    6.83
.***.***                    6.53
..**..**                    6.50
....*.**                    6.00
....****                    5.53
...*****                    4.67
...*.***                    3.33
..**.***                    1.33
.**..***                    1.20
.***....                    1.00
.**.....                    1.00

   

Дерево, полученное данным образом полностью совпадает с деревом, полученным программой fprotpars на предыдущем занятии, и, точно так же, имеет только одну общую ветвь с "правильным" деревом:
{LACDA, LACAC} vs {CLOTE, LISMO, ENTFA, STAES, BACSU, GEOKA};
Причем, эта ветвь есть в каждом из 100 деревьев, поданных на вход программе fconsense, что говорит о высокой консервативности белка LEPA у бактерий Lacda и Lacac.
Среди ветвей, не получивших большинства, есть общие ветви:
{BACSU, GEOKA} vs {LISMO, STAES, LACDA, LACAC, ENTFA, CLOTE}; Поддержка - 26.07
{LACDA, LACAC, ENTFA} vs {BACSU, GEOKA, LISMO, STAES, CLOTE}; Поддержка - 9.00
{BACSU, GEOKA, LISMO, STAES} vs { LACDA, LACAC, ENTFA, CLOTE}; Поддержка - 3.33
То есть, все остальные ветви правильного дерева не получили большинства, однако, на каких-то стадях программы появлялись. Это может говорить об отличающихся путях эволюции белка LEPA и моего "набора" бактерий.

© Dvorkina Dasha