Задание 1
| Онтология GO (название словаря) | Количество разных ассоциированных терминов GO | Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO |
|
|---|---|---|---|
| Где? | C - Cellular component | 0 | - |
| Зачем, для чего? | P - Biological process | 1 | carbohydrate metabolic process Химические реакции и процессы, включающие карбогидраты, какую-либо группу органических веществ с общей формулой Cx(H2O)y. Включает в себя формирование производных углеводов за счет добавления углеводных остатков к другой молекуле. |
| Молекулярный механизм? | F - Molecular function | 2 |
isomerase activity Катализирует геометрические или структурные изменения оной молекулы. Изомераза – систематическое имя для любого фермента класса 5 (EC) metal ion binding Селективно и связывается с каким-либо ионом металла |
| Специфичность? | F - Molecular function | 2 | mannose-6-phosphate isomerase activity Катализирует реакцию изомеризации D-mannose 6-phosphate в D-fructose 6-phosphate. zinc ion binding Селективно и нековалентно взаимодействует с ионами цинка |
Задание 2
Так как для моего белка не нашлось терминов из словаря С (Cellular component), я описала nuclear part.
| GO ID выбранного термина | Список синонимов | Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи | Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
|---|---|---|---|
| GO:0044428 (nuclear part) | nucleus component |
part_of cellular_component (GO:0005575) part_of cell (GO:0005623) part_of intracellular part (GO:0044424) part_of organelle (GO:0043226) part_of intracellular (GO:0005622) part_of intracellular organelle (GO:0043229) part_of membrane-bounded organelle (GO:0043227) part_of intracellular membrane-bounded organelle (GO:0043231) 138073 is_a inorganelle part (GO:0044422) is_a intracellular organelle part (GO:0044446) part_of nucleus (GO:0005634) |
ARC complex (GO:0033167) is_a assemblon (GO:0046808) is_a ATR-ATRIP complex (GO:0070310) is_a BRCA1-A complex (GO:0070531) is_a BRCA1-B complex (GO:0070532) is_a BRCA1-C complex (GO:0070533) is_a BRCA1-Rad51 complex (GO:0070767) is_a BRCA2-BRAF35 complex (GO:0002111) is_a BRISC complex (GO:0070552) is_a CAK-ERCC2 complex (GO:0070516) is_a carboxy-terminal domain protein kinase complex (GO:0032806) is_a chromatin assembly complex (GO:0005678) is_a chromatin remodeling complex (GO:0016585) is_a CURI complex (GO:0032545) is_a cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex (GO:0019907)is_a dense nuclear body (GO:0046818) is_a DNA helicase A complex (GO:0033203) is_a DNA ligase III-XRCC1 complex (GO:0070421) is_a DNA ligase IV complex (GO:0032807) is_a |
| GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) | carbohydrate metabolism |
is_a biological_process (GO:0008150) is_a metabolic process (GO:0008152) is_a primary metabolic process (GO:0044238) |
aldaric acid metabolic process (GO:0019577) is_a carbohydrate biosynthetic process (GO:0016051) is_a carbohydrate catabolic process (GO:0016052) is_a D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate metabolic process (GO:2001060) is_a D-tagatose 6-phosphate metabolic process (GO:2001058) is_a galactonate metabolic process (GO:0019583) is_a glycosylation (GO:0070085) is_a lipid X metabolic process (GO:2001289) is_a multi-organism (GO:0044040) is_a multicellular organismal (GO:0044261) is_a negative regulation of (GO:0045912) negatively_regulates oligosaccharide metabolic process (GO:0009311) is_a polysaccharide metabolic process (GO:0005976) is_a positive regulation of carbohydrate metabolic process (GO:0045913) positively_regulates regulation of carbohydrate metabolic process (GO:0006109) regulates |
| GO:0004476 (mannose-6-phosphate isomerase activity) | exact: D-mannose-6-phosphate aldose-ketose-isomerase activity exact: D-mannose-6-phosphate ketol-isomerase activity exact: mannose phosphate isomerase activity broad: phosphohexoisomerase activity broad: phosphohexomutase activity exact: phosphomannoisomerase activity exact: phosphomannose isomerase activity |
is_a molecular_function (GO:0003674) is_a catalytic activity (GO:0003824) is_a isomerase activity (GO:0016853) is_a intramolecular oxidoreductase activity (GO:0016860) is_a intramolecular oxidoreductase activity, interconverting aldoses and ketoses (GO:0016861) | Нет |
cellular component
biological process
molecular function