Задание 3. Описание протеома бактерии, полный геном которой секвенирован и аннотирован с помощью терминов GO.
Выбранная бактерия - Legionella pneumophila (strain Paris)
Число белков: согласно Genome statistic - 3147 (согласно SRS - 3148)
Количество белков, которым приписан хотябы оин термин GO - 1899 (60,3%)
Частота встречаемости терминов словарей:
Чаще всего встречаются термины из словаря Functions. И это неудивительно, ведь
обычно сначала изучают какой-либо белок in vitro, то есть его различные функции.
Наиболее встречаемые термины:
ATP binding (F) - 251
DNA binding (F) - 140
metal ion binding (F) - 110
Cytoplasm (C) - 248
Integral to membrane (C) - 230
Membrane (C) - 107
Translation (P) - 64
Proteolysis (P) - 59
transmembrane transport (P) - 54
Видно, что частота терминов из разных словарей хорошо сообносится друг с другом: во всех трех случаях больше всего встречаются термины, связанные с "круговоротом" белков в бактерии,а именно трансляцией, транспортом и протеолизом. Так же видно, что в клетке много белков, имеющих АТФ-связывающую активность. что согласуется с большим количеством процессов в клетке, идущих с затратами энергии.
Задание 4. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией
Таксон - Орангутан (лат. Pongo abelii, англ. Orangutan)
Функция - Репликация ДНК (DNA replication)
- Таксономия: cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Coelomata; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Simiiformes; Catarrhini; Hominoidea; Hominidae; Ponginae; Pongo
- Taxonomy ID : 9601
Rank : species - Выбранный GO ID: GO:0006260 (biological process)
- Строка запроса в SRS: (([uniprot-NCBI_TaxId:9601*] & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ([uniprot-DBxref:GO:0006260*] > parent ))
