Моделирование перехода ДНК из А в В форму

Все файлы лежат тут

Данные файлы:

  • файл праметров для минимизации энергии em.mdp.
  • файл праметров для "утряски" воды pr.mdp.
  • файл праметров для молекулярной динамики md.mdp.
C помощью программы fiber пакета 3DNA был построен дуплекс с последовательностью GATCA. Для последующей работы были удалены 5' фосфаты из структуры дуплекса, прибавлены буквы D к названиям нкулеотидов и заменила имя атома C5M на С7 Файл топологии системы в силовом поле amber99sb и файл с координатами в формате Gromacs были получены 
    pdb2gmx -f dna.pdb -o dna -p dna -ff amber99sb -water tip3p
Небольшой отступ в ячейке от ДНК сделан командой 
 

editconf -f dna.gro -o dna_ec -d 1.5 

grompp -f em -c dna_ec -p dna -o dna_em -maxwarn 1   ##Оптимизация
mdrun -deffnm dna_em -v                              геометрии системы

Начальная сила:
F-max = 4.02430e+03 on atom 226
Конечная сила
F-max = 7.3329016e+02 on atom 178
Добавила в ячейку молекулу воды 
genbox -cp dna_em -p dna -cs -o dna_s
Нейтрализовала заряд системы 
grompp -f em -p dna -c dna_s -o dna_s 
genion -s dna_s -o dna_si -p dna -np X
где Х это количество положительных ионов необходимых для нейтрализации заряда системы, равное 10
Утряска воды 
grompp -f pr -c dna_si -p dna -o dna_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm dna_pr -v
dna_pr.gro dna_si.gro переформатированы в pdb с помощью editconf. Файлы: dna_pr.pdb dna_si.pdb В начальном файле вода была расположена хаотично, а после утряски заметна ее "структуризация" 
scp -r md/* skif:fbb/DashaDv/    ## копирование файлов 
                                   на суперкомпьютер

    
ssh skif
cd fbb/DashaDv                                        ## Запуск 
grompp -f md -c dna_pr -p dna -o dna_md -maxwarn 1    тестового моделирования
mpirun  -np 16 -q test -maxtime 5 
 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm dna_md -v
Файл mdrun_mpi.out-22349 не содержит ошибок 
mpirun  -np 16  -maxtime 1200                       ## Запуск основного
 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm dna_md -v   моделирования
Номер задачи 331815
Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS