Филогенетические деревья.


Задание 4


Сначала для поиска диагностических позиций в GeneDoc я разделила все бактерии на 2 группы Lactobacillales и Bacillales.
В первую входят Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus,Staphylococcus epidermidis (LISMO,STAA1,STAES), во вторую
Lactobacillus acidophilus,Lactobacillus delbrueckii,Lactococcus lactis,Streptococcus pyogenes,Streptococcus pneumoniae (LACAC,LACDA,LACLM,STRP1,STRPN)

Полное выравнивание можено посмотреть здесь.
На этом небольшом кусочке видно достаточно много участков, раскрашенным в голубой и розовый, которые соответствуют первой и второй группе,
но далеко не все эти позиции являются диагностическими.
Bacillales: S-174, C-306, N-273, V-261
Lactobacillales: L-217, V-254, Q-299
На этот кусок выравнивания длинной 160 оснований, пришлось 7 диагностических позиций, но так как выравнивание небольшое ,мне кажется, нельзя точно сказать, что какие то позиции есть только у той или иной группы.
Далее я разделила все бактерии по более мелким таксонам.Полное выравнивание.

Lactobacillaceae LACAC, LACDA
Streptococcaceae LACLM, STRP1, STRPN
Listeriaceae LISMO
Staphylococcaceae STAA1,STAES

Здесь тоже можно отметить большое количество диагностических позиций:

Lactobacillaceae E-169, D-211, T-290
Streptococcaceae Q-218, A-258, A-306
Listeriaceae D-295, D-321, L-260
Staphylococcaceae Q-164, Q-253, A-236

Если посмотреть на эти выравнивания, то по ним можно легко предугадать структуру филогенетическоо дерева. На этом дереве выделены группы в соответствии с раскраской на выравнивании.Очевидно, что чем больше диагностических позиций, тем ближе дерево будет к реальному.

Задание 8


На сервере TreeTop я построила дереву все по тому же выравниванию 8 бактерий


что понравилось: не надо скачивать никаких программ и запоминать названия алгоритмов, можно менять настройки, например матрицу выравнивания, в выдаче представлены 2 варианта дерева, построенные разными алгоритмами CLUSTER и TOPOLOGICAL вместе со скобочной формулой и матрицей расстояний. Так же можно выбрать представление дерева в виде филограммы или "косого" дерева.
Не понравилось: надо вводить уже готовое выравнивание, на итоговом дереве мнемоники бактерий сокращены до 4 символов, оформление не очень.
В целом больше плюсов, чем минусов, но это то что касается построения дерева, на сервере нет таких возможностей для последующей работы с ними, как например в Меге. © Garanina Irina