Алгоритмы реконструкции.

Укоренение в среднюю точку

Алгоритм укоренил в ветвь, хотя правильный вариант это на ветке между 10 и 11 на рис.

Нельзя укоренить в среднюю точку деревья, построенные методом максимальной экономии, потому что для этого необходима средняя точка в смысле расстояния, но в методе максимальной экономии не используется гипотеза молекулярных часов, т.е. расстояния не считаются.
Деревья, построенные UPGMА, укоренять не стоит по той причине, что они уже укоренены

Использование внешней группы

Показано дерево, с удаленной вручную внешней группой.
Укоренение неверное, видимо это связано с тем, что дерево построено не совсем точно, видно, что невозможно укоренить так, чтобы LISMO, STAA1 и STAES оказались на одной ветке.

Бутстрэп

                                                                     
  +-------------------------------------------------------LEPA STRPN 
  |                                                                  
  |                                               +-------LEPA LACAC 
  |                                       +-100.0-|                  
  |                               +--98.5-|       +-------LEPA LACDA 
  |                               |       |                          
  |                       +--60.5-|       +---------------LEPA ECOLI 
  |                       |       |                                  
  |                       |       |               +-------LEPA STAA1 
  |               +--99.5-|       +---------100.0-|                  
  |               |       |                       +-------LEPA STAES 
  |       +--98.0-|       |                                          
  |       |       |       +-------------------------------LEPA LISMO 
  +-------|       |                                                  
          |       +---------------------------------------LEPA LACLM 
          |                                                          
          +-----------------------------------------------LEPA STRP1

Полученное дерево не является правильным, это связано как раз с самой ненадежной веткой 60.5, остальные ветки совпадаютс таковыми верного дерева

Ветви, не попавшие в исходное дерево

...***...                  37.50  
...*..***                   2.00  
.**......                   2.00  
....**..*                   1.50  
..****...                   0.50