Знакомство с терминологией GO.
Описание функции белка с помощью аннотации Gene Ontology
| Онтология GO (название словаря) | Количество разных ассоциированных терминов GO | Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO |
|
|---|---|---|---|
| Где? | Cellular Component(C) | 2 | Цитоплазма - все содержимое клетки,не включая плазматическую мембрану и ядро. |
| Зачем, для чего? | Biological Process(P) | 2 | Биосинтез рибосом: процесс, приводящий к биосинтезу макромолекул, сборе и размещению субъединиц рибосом, включаятранспорт из мест синтеза белка. |
| Молекулярный механизм? | Molecular Function(F) | 6 | Связывание с нуклеотидами: селективное и нековалетное взаимодействие с нуклеотидами, любыми соединениями, содержащими нуклеозиды, у которых есть (орто)фосфаты или олигофосфаты на любой гидроксильной группе рибозы или дезоксирибозы.
Связывание с РНК:селективное и нековалетное взаимодействие с РНК сили ее частями. Связывание с ГТФ:селективное и нековалетное взаимодействие с ГТФ. Гидролазная активность:катализ гидролиза различных связей, например С-О, С-N и тд |
| Специфичность? | Molecular Function | 0 |
Описание термина GO
Выбирали 3 наиболее содержатальных термина GO, ассоциированных с изучаемым белком, по одному термину из каждого словаря GO. Провели поиск описаний выбранных терминов на главном сайте консорциума Gene Ontology. Для каждого определили, есть ли точные синонимы, какие термины являются родительскими, а какие — дочерними, типы связей между ними
По результатам заполнили таблицу:
| GO ID выбранного термина | Список синонимов | Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи | Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
|---|---|---|---|
| GO:0042254 | ribosomal chaperone activity ribosome biogenesis and assembly |
GO:0022613 ribonucleoprotein complex biogenesis тип связи "_is_a" |
_is_part of GO:0042255 ribosome assembly _is_a GO:0090069 regulation of ribosome biogenesis _is_a GO:0090070 positive regulation of ribosome biogenesis _is_a GO:0090071 negative regulation of ribosome biogenesis _is_part of GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis _is_part of GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis _is_part of GO:0006407 rRNA export from nucleus _is_part of GO:0000054 ribosomal subunit export from nucleus _is_part of GO:0006364 rRNA processingизображение графа родительских терминов |
| GO:0003723 | нет | GO:0003676 nucleic acid bindingтип связи "_is_a" изображение графа родительских терминов |
Is a GO:0035197 siRNA binding Is a GO:0035198 miRNA binding Is a GO:0000339 RNA cap binding Is a GO:0035613 RNA stem-loop binding Is a GO:0017069 snRNA binding Is a GO:0017091 AU-rich element binding Is a GO:0030515 snoRNA binding Is a GO:0000049 tRNA binding Is a GO:0003725 double-stranded RNA binding Is a GO:0003727 single-stranded RNA binding Is a GO:0003729 mRNA binding Is a GO:0002151 G-quadruplex RNA binding Is a GO:0042835 BRE binding Is a GO:0008312 7S RNA binding Is a GO:0019843 rRNA binding Is a GO:0034336 misfolded RNA binding Is a GO:0070883 pre-miRNA binding Is a GO:0070878 primary miRNA binding Is a GO:0033204 ribonuclease P RNA binding Is a GO:0070034 telomeric RNA binding Is a GO:0001069 regulatory region RNA binding Is a GO:0008135 translation factor activity, nucleic acid binding Is a GO:0071208 histone pre-mRNA DCP binding Is a GO:0034583 21U-RNA binding Is a GO:0034584 piRNA binding Is a GO:0000498 base pairing with RNA Is a GO:0036002 pre-mRNA binding |
| GO:0005737 | --- | GO:0044424 intracellular part тип связи "_is_a" |
Is a GO:0045495 pole plasm Is a GO:0016528 sarcoplasm Part of GO:0044444 cytoplasmic part Is a GO:0010938 cytoplasmic microtubule depolymerization Is a GO:0071026 cytoplasmic RNA surveillance Is a GO:0031046 spindle pole body duplication in cytoplasm Is a GO:0002753 cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway Is a GO:0051220 cytoplasmic sequestering of proteinизображение графа родительских терминов |
"А_is_В" - означает, что А - часть В.
"A_part_of_B" означает, что А - часть В, но В не обязательно содержит А.
Описание протеома Thermoanaerobacter brockii
2193 - число белков протеома.
Из них 1568 белкам приписан термин GO, то есть 71.5%
Гистограмма количества терминов для словарей
Чаще всего встречаются термины из словаря F (функции)
Самые часто встречающиеся термины для каждого словаря:
C cytoplasm 225 integral to membrane 157 plasma membrane 82 membrane 66 intracellular 53 F ATP binding 243 DNA binding 138 metal ion binding 80 catalytic activity 63 sequence-specific DNA binding transcription factor activity 61 P translation 58 proteolysis 50 regulation of transcription, DNA-dependent 45 transcription, DNA-dependent 35 phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system 34
4. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией
Томат обыкновенный(tomato)
Solanum lycopersicum L. или Lycopersicum esculentum Mill.
Taxonomy ID: 4081
Rank: species
Гликолиз (glycolysis), идентификатор в GO GO:0006096 он относится к словарю P(Biological Process).
Поиск белков из данного таксона с заданной функцией GO: ([swissprot-NCBI_TaxId:4081*] > ([swissprot-DbName:GO*] & [swissprot-DBxref:GO:0006096*]))
получилась всего 1 находка ENO_SOLLC
© Garanina Irina