1.Сбор информации о своем ферменте
HASP_HUMAN Serine/threonine-protein kinase haspin; EC=2.7.11.1
| EC Number фермента | EC=2.7.11.1 | |
|---|---|---|
| Класс | 2 Transferases | Трансферазы |
| Подкласс | 2.7 Transferring phosphorus-containing groups | Переносчики фосфор-содержащих групп |
| Подподкласс | 2.7.11 Protein-serine/threonine kinases |
Фосфорилирует серин и треонин в белках |
| Порядковый номер | 2.7.11.1 ATP:protein phosphotransferase (non-specific) | Неспецифично переносит остаток фосфорной кислоты, отщепляя его от ATP |
| Катализируемая реакция | ATP + a protein = ADP + a phosphoprotein |
2.Выясните, насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями
1.([swissprot-ECNumber:2*] & (([swissprot-Species:Mus*] & [swissprot-Species:musculus*]) | [swissprot-Species:Mus musculus*]))
было найдено 1360 записей. белки в fasta и таблицас EC и ID.
Из этих белков 697 относятсяк такому же подклассу, у 372 совпадает подподкласс и у 281 полностью совпадает классификация.
2.Результаты выравнивания, нашлось 46 белков для E-value 10
Из них гомологичными с уверенностью можно назвать только 1 белок HASP_MOUSE, который выравнился по всей последовательности с очень малньким e-value, близким к 0.
Кроме него есть еще есть 4 белка, которые тоже можно назвать гомологичными, все они хорошо выравнялись с моим белком на куске 480-665, оказалось, что остальные белки, за единичными исключеними, тоже выравниваются в районе этого куска, причем большинство их них являются киназами. Предположительно этот кусок является киназным доменом, что подтвердилось его архитектурой в Pfam
так же я посмотрела доменную архитектуру у этих 5 предполагаемых гомологов и у всех присутствовал этот домен.
3.В таблице показано насколько сохраняется функция белка в зависимости от порядка выдачи в blastp.
Как видно, те белки, которые предполагались гомологами, имеют такой же EC (5 белков). Кроме них еще 15 белков имеют такой же ЕС, причем их позиция в выдаче с этим никак не связана, такие белки примерно с одинаковой частотой встречатся как в середине списка, так и в его конце. 28 белков из 46 относятся к тому же подподклассу и только 1 относится к другому подклассу того же класса, что интересно это один из немногих белков MT21C_MOUSE, которые выравнились не на куске с доменом.
Из полученных нами данных можно сделать вывод, что белки с одинаковой функцией далеко не всегда имеют схожие последовательности (из 281 белка только 20 попали в выравнивание)и ферменты, имеющие схожие последовательности не обязательно катализируют одинаковые реакции, но с вероятностью около 50% они входят в один подкласс, и почти наверняка в один класс ферментов. © Garanina Irina