Работа с PyMOL.



1. Возможности Sculpting


Как я поняла, Sculpting это такая штука, которая позволяет менять конформацию молекулы, посредством изменения торсионный углов, положения атомов и тп.

2.Мутагенез 1LMP


a. Оценила зону контакта, выделив командой within все остатки, находящиеся на расстоянии меньше 3.5 А от лиганда.



b. Провела мутирование командой Wizard>Mutagenesis 52 ASP на PHE. Фенилаланин является более объёмным остатком и будет мешать размещению лиганда.



3. Присоединение флуоресцентной метки.


Присоединила флур. метку TAMPA с помощью команды fuse и torsion к 36 остатку серина.



4. Построение полилейциновой последовательности.

Углы прикинула по нескольким разным белкам по карте Рамачандрана. Сначала построила с углами равными 0, командой Wizard > Measurmends > Angles измерила там углы, а потом прибавила мои углы к этим. 

cmd.fragment ("leu")

for x in range(2, 101):
	cmd.edit("resi "+ str(x)+" and name C")
	editor.attach_amino_acid("pk1","leu")
	cmd.edit("resi "+str(x)+" and name N", "resi "+str(x)+" and name CA")
	cmd.torsion(60)
	cmd.edit("resi "+str(x)+" and name C", "resi "+str(x)+" and name CA") 
	cmd.torsion (-180)

cmd.zoom ("all")
cmd.center ("all")




командой dss и alter ss='H' сделала что бы спираль стала как спираль во сех белках.

5.Кубан



© Garanina Irina