MOPAC

1. Оптимизация структуры порфирина.

1. Неоптимизированный порфирин.
2. Оптимизированный с параметром "PM6"
3. Оптимизированный с параметром "AM1"

На картинках видно, что неоптимизированная структура перекошенная, несимметричная, и вообще не очень плоская. А оба оптимизированных порфирина плоские и симметричные как и полагается ароматичеке.

Как я поняла из мануала, это параметры, отражающие точность аппроксимации подсчетов. "AM1" видимо, подходит не для всего или менее точный, в отличие от "PM6", который стоит в программе по умолчанию. Из этого можно ожидать, что структура, расчитанная с "PM6" будет более точной, симметричной и тп, но на вид они кажутся одинаковыми, ном если посмотреть их PDB, то в координатах будет небольшое различие, буквально в несколько сотых по каждой координате.

Рассчет длины волны перехода для порфирина

   state     E        wave len

    1+    0.000000    0                                                                         
    2     1.915176    647,66
    3     2.267958    546,97
    4     2.466034    503,16
    5     2.827124    438,78
    6     3.366044    368,53
    7     3.393080    365,58
    8     3.669831    337,91
    9     3.872391    329,21

2. Оптимизация структуры хинона и его дианиона.

1.Неоптимизированный хинон.

2. оптимизированный хинон.

3.геометрия дианиона.

Внешне структура обычного и оптимизированного хинонов не сильно отличаются, оба плоские и симметричные, связи все на вид одинаковой длины, а вот у дианиона связи с кислородами чуть длинее, чем остальные, что следовало бы ожидать, так как у обычного хинона связь двойная, а у дианиона одинарная.

3. Переход димера в тимины.


заряд	0	+2	0
энергия	-3273.58217 EV	-3253.90755 EV	-3273.69464 EV

В димере энергия достаточно низкая и кольца неароматичные. В возбужденном состоянии у одного кольца восстанавливается ароматичность, но вся система по энергии выше, чем невозбужденные состояни. Энергия разделенных тиминов самая маленькая, поэтому выгоднее перейти в это состояние, чем обратно в димер. © Garanina Irina